R：將變量從R傳遞給unix

我正在通過bash腳本運行R腳本，並且希望將R腳本的輸出返回給bash腳本以繼續使用它。R：將變量從R傳遞給unix

bash的是某事像這樣：

#!/bin/bash 
Rscript MYRScript.R 
a=OUTPUT_FROM_MYRScript.R 
do sth with a

和將R腳本是某事像這樣：

for(i in 1:5){ 
i 
sink(type="message") 
}

我想慶典用一個變量來自R在工作的時候，意思是： bash接收i = 1並且與其一起工作，當任務完成時，接收i = 2等等。

任何想法如何做到這一點？

來源

2015-10-27 gugy

要從構建一個管你將R腳本運行到另一個shell命令。這樣對嗎？ – jogo

是的，但是從R到unix，而不是從unix到R – gugy

我想使用R輸出（一個文件名）直接在bash中用來修改另一個文件。似乎我更容易這樣...？ – gugy

一種選擇是讓你的[R腳本可執行文件#!/usr/bin/env Rscript （設置可執行位;例如chmod 0755 myrscript.r，chmod +x myrscript.r等），並且像對待任何其他命令一樣對待它，例如，分配結果下面的數組變量：

myrscript.r

#!/usr/bin/env Rscript 
cat(1:5, sep = "\n")

mybashscript.sh

#!/bin/bash 
RES=($(./myrscript.r)) 
for elem in "${RES[@]}" 
do 
    echo elem is "${elem}" 
done

nrussell$ ./mybashscript.sh 
elem is 1 
elem is 2 
elem is 3 
elem is 4 
elem is 5

來源

2015-10-27 15:20:09 nrussell

奇怪的是，運行解決方案時，我得到了一個Permission denied（for myrscript.r）錯誤。任何想法爲什麼？ – gugy

首先執行'chmod 0755 myrscript.r'， –

@gugy對不起，我在回答中掩蓋了這一點;謝謝德克。 – nrussell

這裏是MYRScript.R：

for(iter in 1:5) { 
    cat(iter, ' ') 
}

，這裏是你的bash腳本：

#!/bin/bash 

r_output=`Rscript ~/MYRscript.R` 

for iter in `echo $r_output` 
do 
    echo Here is some output from R: $iter 
done

Here is some output from R: 1 
Here is some output from R: 2 
Here is some output from R: 3 
Here is some output from R: 4 
Here is some output from R: 5

來源

2015-10-27 15:18:00 DunderChief

R：將變量從R傳遞給unix

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