Blast +：blastdbcmd - 錯誤消息

Question

我想要以fasta格式轉換16S Microbial數據庫格式。我使用Blast +程序（2.2.27+版本窗口）。我可以安裝這個程序，我知道我必須使用blastdbcmd命令。問題是我不知道我該如何寫命令，並且我有一個錯誤信息： 沒有找到別名或索引文件核苷酸數據庫16Microbial在搜索路徑C：users \ Debora \ blast-2.2。 27+; C：users \ Debora \ blast-2.2.27 + \ db \ 16Microbial

16S Microbial文件在db文件中。 16S微生物是未壓縮和未壓縮的。

我試圖編輯環境變量，我想編輯用戶和系統變量，但我不明白我必須寫什麼。 所以，我懷疑數據庫是在錯誤的地方，但我不知道如何糾正。

我希望有人能幫助我!!!!!

謝謝大家！

Answer 1

發生了什麼事是你的blastdbcmd程序找不到你的16s數據庫。您需要首先將數據庫設置爲.phr/.pin/.psq或.nhr/.nin/.nsq文件。然後你必須確保你的程序知道去哪裏看。最簡單的方法是使用.ncbirc文件，並且該文件應與實際的blastdbcmd可執行文件位於同一目錄中。在Windows上，我認爲文件是.ncbi.ini，但我不確定。我也不知道格式，但你應該能夠谷歌。爲了給我一個在我的Mac上的想法，該文件包含行BLASTDB=/Users/myName/blast/db，其中該目錄是我存儲我的數據庫的位置。