在conda虛擬環境中，對`R`安裝的包使用`rpy2`？

我一直在努力保持我的環境非冗餘和清潔，因此我製作了一個R環境，並在我的計算機上清除了所有其他現有的R。在conda虛擬環境中，對`R`安裝的包使用`rpy2`？

這種環境稱爲r-conda，它是：

/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/R

，我意識到我沒有安裝rpy2並通過暢達安裝它，它希望安裝的R的新版本和所有我不想要的r-essentials，因爲我已經有了一個完美的R環境。

我意識到我可以爲R conda環境中相關的Python安裝rpy2：

source activate r-conda 
pip install rpy2 
source deactivate

但並不是所有的路徑都一字排開

我怎樣才能讓rpy2承認我所有的R的關聯的文件和路徑在我的r-conda環境中？

它不能正確找到文件，當我試圖導入packges：加入這個我~/.bash_profile

os.environ['R_HOME'] = "/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/R" 
from rpy2.robjects.packages import importr 
importr("dynamicTreeCut") 

--------------------------------------------------------------------------- 
ImportError        Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-29-8b0a88dfe12d> in <module>() 
     1 # os.environ['R_HOME'] = '/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/' 
     2 os.environ['R_HOME'] = "/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/bin/R" 
----> 3 from rpy2.robjects.packages import importr 
     4 importr("dynamicTreeCut") 

/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py in <module>() 
    14 import itertools 
    15 from datetime import datetime 
---> 16 import rpy2.rinterface as rinterface 
    17 import rpy2.rlike.container as rlc 
    18 

/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>() 
    90 del(os) 
    91 
---> 92 from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv, 
    93           emptyenv, 
    94           endr, 

ImportError: dlopen(/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so, 2): Library not loaded: @rpath/R/lib/libR.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so 
    Reason: image not found

修正了一個錯誤，但產生一個類似的新的錯誤：我這個做了嘗試，錯誤更改：

export LD_LIBRARY_PATH="/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/lib/R/lib/:$LD_LIBRARY_PATH" 

>>> from rpy2.robjects.packages import importr 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 16, in <module> 
    import rpy2.rinterface as rinterface 
    File "/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module> 
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv, 
ImportError: dlopen(/Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so, 2): Library not loaded: libicuuc.54.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/_rinterface.cpython-36m-darwin.so 
    Reason: image not found

所以，我想這一點，那麼得到了同樣的錯誤：

export LD_LIBRARY_PATH="/Users/jespinoz/anaconda/envs/r-conda/lib/R/lib/:/Users/jespinoz/anaconda/pkgs/icu-54.1-0/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"

如果我使用conda install rpy2即使我的主要conda環境的默認版本是Python=3.6，它也想安裝Python=3.5.2。

(r-conda) jespinozlt-osx:~ jespinoz$ conda install rpy2 python=3.6 
Fetching package metadata ............. 
Solving package specifications: . 


UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: 
    - python 3.6* 
    - r-permute 
    - rpy2 
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package

來源

2017-02-09 O.rka

你應該conda install rpy2而不是PIP安裝它：在我r-conda環境中安裝rpy2時，但現在它看起來像一個包衝突的錯誤@asmeurer給了一個建議，指定Python=3.6。另外，保持環境激活。您應該安裝python和您想要使用的Python包到同一個R環境中，以便一切都在單一環境中完成。

來源

2017-02-10 17:16:47 asmeurer

當我從我的'r-conda'環境安裝rpy2'時，即使該環境的默認'python'是我的主版本'python = 3.6'，它也想安裝另一個版本的'python'。我唯一的選擇是安裝2個R版本，2個Python版本，還是將它們合併到同一個環境中？我覺得有些事情我可以用我的路徑和環境變量來告訴'rpy2'我的'R'文件所在的位置。 –

我不知道它爲什麼這樣做，但你可以通過將它包含在install命令中來強制它保留你想要的python版本，比如'conda install rpy2 python = 3.6'。 – asmeurer

我不知道你能做到這一點。很好，謝謝！雖然，它看起來像我得到了一些衝突的錯誤（更新問題B/C格式） ' –

在conda虛擬環境中，對`R`安裝的包使用`rpy2`？

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