碼頭圖像測試：文件未找到

Question

我做了一個碼頭圖像，並試圖測試它。圖像看起來很好，如果我檢查應用程序的版本，但無法找到該文件，如果我給一個合法的命令：

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc --version 

FastQC v0.11.4

| => docker run -ti us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc /Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz 

跳過「/用戶/ jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz'不存在或無法讀取

我試圖把文件路徑放在引號中，但得到了相同的結果。我究竟做錯了什麼？我應該如何測試泊塢窗圖像？

謝謝！

Answer 1

您正在嘗試運行泊塢窗圖像並將其傳遞到主機中的文件，而不是在泊塢窗容器內。這不起作用。事實上，主機和容器的文件系統是分開的（這就是docker的一個很酷的東西）。

如果您想按照自己的方式運行命令，則需要在主機和碼頭容器之間共享卷。嘗試像這樣運行你的命令：

docker run -ti -v "/Users/jedi/Documents/raw_data/:/Users/jedi/Documents/raw_data/" us.gcr.io/my_project/fastqc fastqc "/Users/jedi/Documents/raw_data/Sample1_PE_R1.fastq.gz" 

這樣，你要共享的文件夾/Users/jedi/Documents/raw_data/你的主機和您的容器之間，並命令應該工作。