Fisher精確測試在多個列上運行並將結果打印到單獨的表中

我正在處理包含病例控制狀態，參與者ID和每列SNP的基因型數據的數據框。Fisher精確測試在多個列上運行並將結果打印到單獨的表中

caco ID  x132267464  x132270331 ... 
1  10125 0/1   0/0   ... 
2  10202 0/2   0/0   ... 
...

我希望運行的情況下的控制，碳酸鈣（CaCO）和每個SNP基因型數據，一旦Fisher檢驗運行欲P值保存到一個單獨的表中的Fisher精確檢驗。

因此，對於caco v x132267464的fisher測試，將p值和優勢比打印到結果表的第1行，然後將p值和優勢比打印到第2行，然後caco v x132270331等。

任何幫助，將不勝感激

來源

2015-07-10 Daniel Ford

你嘗試過什麼到目前爲止，這個問題？如果您需要開始，可以嘗試http://stats.stackexchange.com/questions/18558/fishers-exact-test-in-r。 – Simon

實際上設法解決我的代碼看起來像這樣

c <- 3 
i <- 1 
p <- 1 
data <- data.frame() 

while (i < 123) {  

    TAB <- table(acadfull$caco, acadfull[,c])  
    ANS <- fisher.test(TAB, conf.int=T) 


    c <- c+1 
    i <- i+1 
    p <- p+1 

    if (i==123) 
    break 

} 

write.csv(c(snp,pos,data),"indel_results", row.names=F)

來源

2015-07-10 05:20:29

Fisher精確測試在多個列上運行並將結果打印到單獨的表中

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