用SciPy的Fisher精確測試獲得期望的陣列？

Question

SciPy允許您進行卡方檢驗和Fisher精確檢驗。 雖然卡方檢驗的輸出包含預期數組，但Fisher精確度不包含。

例如爲：

from scipy import stats 
import numpy as np 
obs = np.array(
    [[1100,6848], 
    [11860,75292]]) 
stats.chi2_contingency(obs) 

回報：

(0.31240019935827701, 
0.57621104841277448, 
1L, 
array([[ 1083.13438486, 6864.86561514], 
     [ 11876.86561514, 75275.13438486]])) 

同時：

from scipy import stats 
oddsratio, pvalue = stats.fisher_exact([[1100,6848], 
[11860,75292]]) 
print pvalue, oddsratio 

回報：

0.561533439157 1.01974850672 

documentation什麼也沒說，我也找不到任何東西。有可能嗎？ 謝謝！

Answer 1

Fisher精確檢驗（http://en.wikipedia.org/wiki/Fisher%27s_exact_test）不涉及計算預期數組。這就是爲什麼fisher_exact()不會返回一個。

如果您需要預期的數組，它與chi2_contingency返回的數組相同。如果要在不致電chi2_contingency的情況下進行計算，則可以使用scipy.stats.contingency.expected_freq。例如：

In [40]: obs 
Out[40]: 
array([[ 1100, 6848], 
     [11860, 75292]]) 

In [41]: from scipy.stats.contingency import expected_freq 

In [42]: expected_freq(obs) 
Out[42]: 
array([[ 1083.13438486, 6864.86561514], 
     [ 11876.86561514, 75275.13438486]])