根據數據幀中的共享屬性創建一個鄰接矩陣或列表

我有一個重複項目（行）的數據框，在某種意義上描述了彼此共享某些屬性的項目。我想以圖表的形式表達這種關係。根據數據幀中的共享屬性創建一個鄰接矩陣或列表

property node 
red  A 
red  B 
red  C 
blue  A 
blue  D 
purple A 
purple B

A, B和C將與彼此連接，因爲它們共享red屬性。 A和D將形成連接，因爲它們共享blue屬性。此外，A和B共享purple屬性。我們可以權重共享多個屬性的元素，例如，A和B除了red屬性之外，還共享一個purple屬性。

我的問題是，如何使用R方便地表達這種關係，並獲得鄰接矩陣或簡單的邊緣列表。

matrix <- matrix(0,total_nodes,total_nodes) #initialize a matrix 
for (i in property) { 
    #some function to fill in the matrix 
} 

diag(matrix) <- 0

來源

2017-07-10 eastafri

你能解釋下投票的原因是什麼？ – eastafri

'crossprod（表（dta））' – user20650

瞭解您的數據：

dta <- read.table(header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE, 
      textConnection("property node 
red  A 
red  B 
red  C 
blue  A 
blue  D 
purple A 
purple B"))

通過數據鏈接到自己的財產從創建數據集的邊緣：

library(dplyr) 

# Create edges by linking the vertices to eachother using their properties 
dta <- full_join(dta, dta, c('property' = 'property')) %>% 
    # We no longer need property -> remove 
    select(-property) %>% 
    # Dont allow self-loops 
    filter(node.x != node.y) %>% 
    # Aggregate duplicate edges: vertices linked using multiple properties 
    group_by(node.x, node.y) %>% 
    summarise(weight = n())

現在我們有一個data.frame與我們邊可以創建圖表：

library(igraph) 
# Create graph 
g <- graph_from_data_frame(dta, directed = TRUE) 
# Create adjacency matrix from graph 
M <- as_adjacency_matrix(g, attr = "weight")

另一種解決方案，以獲得鄰接矩陣，而無需使用igraph是：

library(tidyr) 
M2 <- spread(dta, node.y, weight, fill = 0)

來源

2017-07-10 07:46:16

正是我想要的！非常感謝你，特別是使用dplyr動詞！ – eastafri

根據數據幀中的共享屬性創建一個鄰接矩陣或列表

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