使用預測類別的概率的ROC曲線

Question

我需要使用兩類問題的預測概率繪製ROC曲線。需要使用不同的截斷概率來生成ROC曲線。

使用隨機森林使用以上森林

mytestdata<-read.table(file="gmsim-craboff.tes",header=TRUE) 
testpred<-predict(mydata.rf,mytestdata,type='prob') 

mydata<-read.table(file="out-all-gm-pr-hpcuts-wor-noAl.tr", header=TRUE, sep ="") 
mydata$class <- as.factor(mydata$class) 
mydata.rf<-randomForest(class ~ ., data=mydata, importance = TRUE, mtry = 3, ntree = 100, proximity = TRUE) 

試驗數據預測我現在有一個數據文件，現在真正的類標籤，我預測類的概率和預測的測試數據概率。我需要使用不同的臨界值（如0.1,0.3,0.5,0.7,0.9）以概率生成ROC曲線。如何去做呢？

Answer 1

我會做到以下幾點：

library(pROC) 
roc(mytestdata$class, testpred, plot = TRUE)