如何在R中使用iGraph挖掘圖案

我試圖在R中使用包igraph挖掘3節點圖案。我想從graph.motifs（）函數中獲取圖中每個單獨頂點的motif數量，這似乎不可能。如何在R中使用iGraph挖掘圖案

因此，對於例如圖：

testGraph = barabasi.game(10, 
m = 5, 
power = 2, 
out.pref = TRUE, 
zero.appeal = 0.5, 
directed = TRUE)

我可以使用graph.motifs()計數在整個圖中的每個3節點基序的總數：

graph.motifs(testGraph, 
size = 3)

[1] 0 0 26 0 16 0 2 58 0 0 0 0 0 0 0 0

但我想知道個人個人頂點參與。那麼，頂點1參與了多少個主題（以及哪種類型）？有沒有人知道一個簡單的方法來做到這一點？

來源

2012-09-11 Erin Shellman

這是一個快速的操作方法。

它你有興趣在頂點一個的黑社會，那麼首先創建導出子含有一個和它的近鄰。您可以通過neighborhood()和induced.subgraph()或簡單地通過graph.neighborhood()來完成此操作。

然後在這個子圖中找到圖案，但不是用graph.motifs()，而是用triad.census()，因爲這包括了所有可能的三元組，即使是沒有連接的三元組。

然後從該子圖中刪除A，並再次調用triad.census()。兩個計數向量的差異將正好是包括A的圖案。

來源

2012-09-12 13:39:30

我會離開的實際代碼作爲練習。 :)但如果您遇到任何問題，請在這裏評論。 –

謝謝Gabor，該解決方案爲我工作！ –

這裏的Gabor解決方案的一個自包含的例子：

testGraph = barabasi.game(10, 
    m = 5, 
    power = 0.6, 
    out.pref = TRUE, 
    zero.appeal = 0.5, 
    directed = TRUE) 

# Label nodes to more easily keep track during subsets/deletions 
V(testGraph)$name = c('one', 'two', 'three', 'four', 'five', 'six', 'seven', 'eight', 'nine', 'ten') 

subGraph = graph.neighborhood(testGraph, order = 1, V(testGraph)[1], mode = 'all')[[1]] 
allMotifs = triad.census(subGraph) 
removeNode = delete.vertices(subGraph, 'one') 
node1Motifs = allMotifs - triad.census(removeNode)

來源

2012-09-21 21:04:14

如何在R中使用iGraph挖掘圖案

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