在rpy2中繪製R函數曲線

Question

我想在rpy2中繪製一條簡單的曲線。

curve((x)) R的行爲與預期的一樣，但我無法在rpy2中實現。

當我發出的順序如下命令：

import rpy2.robjects as ro 
R = ro.r 
R.curve(R.x) 

我得到AttributeError: 'R' object has no attribute 'x' ...

如何訪問x爲蟒蛇內矢量化功能的錯誤？ （我可以發出ro.r('curve((x))')，它按預期工作，但我需要能夠將參數從python傳遞到曲線函數）。

更一般地，我怎麼在rpy2繪製函數曲線阿拉這個帖子：plotting function curve in R

編輯1

一些背景：

我試圖繪製的曲線反邏輯：

invlogit = function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) } 

線性函數：

invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x 

其中coef（mod1）是我運行的GLM的係數。

在R，我能做到以下幾點：

plot(outcome~survrate, data = d, ylab = "P(outcome = 1 | 
survrate)", xlab = "SURVRATE: Probability of Survival after 5 
Years", xaxp = c(0, 95, 19)) 

curve(invlogit(coef(mod1)[1] + coef(mod1)[2]*x), add = TRUE) 

我得到預期的S形曲線。

我蟒蛇/ rpy2，我得到我的模型和係數：

formula = 'outcome~survrate' 
mod1 = R.glm(formula=R(formula), data=r_analytical_set, family=R('binomial(link="logit")')) 
s = R.summary(mod1) 
print(mod1) 
print(R.summary(mod1)) 

設置的情節

formula = Formula('outcome~survrate') 
formula.getenvironment()['outcome'] = data.rx2('outcome') 
formula.getenvironment()['survrate'] = data.rx2('survrate') 
R.plot(formula, data=data, ylab = 'P(outcome = 1 | outcome)', xlab = 'SURVRATE: Probability of Survival after 5 
Years", xaxp = c(0, 95, 19)) 

到目前爲止好...

然後，我讓我的係數來自型號：

a = R.coef(mod1)[0] 
b = R.coef(mod1)[1] 

然後試圖通過傳遞這些參數來運行曲線的功能，都無濟於事，想這樣的構造如

R.curve(invlogit(a + b*R.x)) 

我已經試過許多人太除此之外，所有這一切都是尷尬怪異。首先，天真的問題：如果curve（）中的term（x）是最後一個環境表達式的特殊R指定，我假設我應該能夠通過python/rpy2以某種方式訪問​​它。

我知道它在曲線函數中的表示是101個元素的ListVector。我並沒有遵循它的意思，但它「是用於最後環境表達的特殊R指定」。有人可以詳細說明嗎？如果這是R中的一個對象，我是否應該無法通過至少低級別的接口訪問它？

或者，我實際上是否必須創建x作爲python函數來將我的x，y元組表示爲兩個列表，然後將它們轉換爲ListVector以便在該函數中使用以繪製其曲線。

第二：我不能在python中構造我的函數invlogit(a + b*x)並將它傳遞給R的曲線函數進行評估嗎？

我使用STAP庫讀取它，從R文件抓取invlogit：from rpy2.robjects.packages import STAP。

第三：我是否在複雜的事情？我的目標是在我嘗試在python/rpy2中做一個新的分析之前，重新創建一個我以前在R中使用python/rpy2來完成所有特性的分析。

Answer 1

只需傳入實際的函數，調用或表達式，如sin，因爲x未在Python中分配。以下使用curve的R文檔中的示例：curve(sin, -2*pi, 2*pi)。此外，因爲你輸出的圖形使用grDevices（內置R中包）保存圖像文件：

import rpy2.robjects as ro 
from rpy2.robjects.packages import importr 

grdevices = importr('grDevices') 

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512) 
p = ro.r('curve(sin, -2*pi, 2*pi)')  
grdevices.dev_off() 

或者，您也可以定義(x)就像你的鏈接顯示：

grdevices.png(file="Rpy2Curve.png", width=512, height=512) 
ro.r('''eq <- function(x) {x*x}''') 
p = ro.r('curve(eq,1,1000)')   # OUTPUTS TO FILE 
grdevices.dev_off() 

p = ro.r('curve(eq,1,1000)')   # OUTPUTS TO SCREEN 

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UPDATE

具體業務方案的問題，繪製與Python的變量逆分對數曲線，一個和b，從模型係數得出，認爲它們串聯到robjects.r()字符串參數：

import rpy2.robjects as ro 
ro.r('invlogit <- function(x){ + exp(x)/(1 + exp(x)) }') 

p = ro.r('curve(invlogit({0} + {1}*x), add = TRUE)'.format(a,b))