TORQUE下的makeMPIcluster：沒有足夠的插槽可用

我使用的是TORQUE/MOAB/RHEL 6.7的HPC。在PBS jobscript相關線是TORQUE下的makeMPIcluster：沒有足夠的插槽可用

#PBS -l nodes=1:ppn=8,mem=12gb 
module load r_3.2.0 
module load icc_14.0.3-ompi_1.8.3 
mpirun -np 1\ 
    --mca mtl mx --mca pml cm --bind-to core --map-by core\ 
    Rscript >>dice.txt 2>&1 diceEstimate4i_parallel.R

以我ř程序我有：

library(Rmpi) 
library(snow) 
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size())

我可以看到，MPI宇宙的大小是正確的（8在此示例中），但是該程序錯誤消息「沒有足夠的插槽可用」失敗。然而，它工作得很好，如果我問一個工人少：

cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size() - 1)

但現在我只有7名工人（我已經測試過），所以處理器內核中的一個在任何生產不從事...

R CMD config CC

只給我mpicc，在配置的其餘部分我找不到任何相關的東西。

任何想法如何使用所有分配的cpus？我是mpirun和所有那些的初學者......我在不同的服務器上使用w/o調度程序時工作。我也可以使用pbdMPI包中的所有分配的cpus。

來源

2015-12-13 Ott Toomet

一個猜測，'-np的mpirun在1'遠程的推出1個處理器節點運行R腳本並使用1個內核，然後在R內核中再次創建8個內核。所以，沒有足夠的內核。 – Patric

謝謝，我也想到了這些方面的內容。但是在'makeMPIcluster'中添加'includemaster = TRUE'似乎沒有任何改變。我也無法找到該選項的任何文檔，或更詳細的信息將如何建立MPI集羣。 –

你可以嘗試只發射rsbs由pbs沒有mpirun或不綁定到核心我猜？ – Patric

所以，「官方」的答案。在jobscript沒有的mpirun

調用R：現在我已經測試的代碼多次和它的作品。
檢測羣集大小並創建MPICluster。

的jobscript可能是這個樣子：

module load r_3.2.0 
module load icc_14.0.3-ompi_1.8.3 
Rscript program.R

和將R代碼創建羣集：

nodefile <- Sys.getenv("PBS_NODEFILE") 
nodes <- readLines(nodefile) 
cl <- makeMPIcluster(length(nodes), includemaster=TRUE)

來源

2015-12-22 02:55:54

TORQUE下的makeMPIcluster：沒有足夠的插槽可用

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