R tryCatch跳過錯誤

我嘗試連接2個數據框：Eset2和Essential。它們共享1個包含基因名稱的共同列，並且這兩個框架都有唯一的行。R tryCatch跳過錯誤

因此，我決定在Eset2中查找我需要的值（RMA，ANNOT），並將它們綁定到Essential中與相應基因名稱對應的行。

但是有時我不能查找，因爲Essential中有獨特的基因。所以，會出現一個錯誤：我在Eset2中搜索相應的行會變成數字（0）。

所以我決定使用tryCatch。但是，它沒有幫助。當搜索在Eset2中沒有找到這樣的基因時，不是將NA用於RMA和ANNOT，而是從之前成功發現的基因中提取值。

for (i in 1:nrow(essential)) { 
     temp <- tryCatch(
     # eset2$GENENAMEand essential[,4] contain gene names 
     eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$RMA, 
     error = function(e) { 
     print("This is the 'error' part1") 
     return(NA)} 
    ) 
     essential$rma[i] <- temp 

     temp <- tryCatch(
     eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT, 
     error = function(e) { 
     print("This is the 'error' part2") 
     return(NA)} 
    ) 
     essential$long_name[i] <- temp 
    }

我用這個代替解決問題：

 for (i in 1:nrow(essential)) { 
      temp <- try(eset2[eset2$SYMBOL == essential[i,4],]$rma) 
      if (length(temp) != 0) { 
       essential$rma[i] <- temp 
      } 
      else { 
       essential$rma[i] <- NA 
      } 
      temp <- try(eset2[eset2$SYMBOL == essential[i,4],]$GENENAME) 
      if (length(temp) != 0) { 
       essential$long_name[i] <- temp 
      } 
      else { 
       essential$long_name[i] <- NA 
      } 
      }

我不知道如果我使用tryCatch錯誤。我試着這樣做：

  temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT

但它並沒有幫助。你能看到我的tryCatch失敗的原因嗎？

來源

2016-09-28 lotrus28

我相信錯誤塊永遠不會被評估的原因是數據幀子集的評估爲numeric(0)不是錯誤。相反，你應該明確地檢查numeric(0)與NA取代，當你遇到它：

for (i in 1:nrow(essential)) { 
    temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$RMA 
    essential$rma[i] <- ifelse(length(temp) == 0, NA, temp) 

    temp <- eset2[eset2$GENENAME == essential[i,4],]$ANNOT 
    essential$long_name[i] <- ifelse(length(temp) == 0, NA, temp) 
}

順便說一句，有可能是矢量化for循環中，您使用，可能使整個迴路降到方式幾行R代碼。但是，這個答案有希望揭示爲什麼錯誤塊不會被擊中，以及你可以做什麼作爲替代。

來源

2016-09-28 15:10:01

R tryCatch跳過錯誤

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