2014-07-10 106 views
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我使用基因組圖來顯示基因組信息。我想通過分隔線將功能名稱和位置分開。然後,我做這樣的事情:基因組圖中的斷點biopython

gdFeature.add_feature(
    feat, 
    color=red, 
    sigil="ARROW", 
    name=feat.qualifiers['product'][0].replace(" ", "_") + "\n" + 
    str(feat.location.start) + " - " + str(feat.location.end), 
    label_position="middle", 
    label_angle=0, 
    label=True) 

gdFeature是要素類的一個實例(http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Graphics.GenomeDiagram._Feature.Feature-class.html

問題是,當我節省了PDF格式的我的照片,我有一個黑色方塊代替斷線: example here

這不是我真正想要的。有沒有辦法做到這一點 ?

謝謝

回答

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我不'看到直接的路徑。 Biopython使用Reportlab生成pdf。在GenomeDiagram中,函數drawString被調用來寫入名稱/標籤(函數是here)。即當你通過像「首行\ n第二行」的標籤,ReportLab的產生類似於(數字由)的PDF代碼:

BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (First\nSecond)Tj ET 

但是,這不打印PDF中的兩條線的方式。你實際上必須有兩個不同的代碼行,例如:

BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (First)Tj ET 
BT /F1 48 Tf 1 0 0 1 210 400 Tm (Second)Tj ET 

而AFAIK,Biopython沒有實現它。