給定基因名稱的基因的相似性，在BioPython

如何找到兩個基因的相似性，給定基因名稱？通過相似性，我想我的意思是序列的相似性。我是這個領域的新手，由我的教授完成這項工作。我不知道許多類似的相似性給定基因名稱的基因的相似性，在BioPython

希望這可以通過Biopython來完成嗎？

非常感謝。

更新爲響應：
謝謝。但我試過了。
我的主要問題是當我從數據庫中檢索基因序列時，一些結果是作爲一個基因序列出現的，另一些則是作爲一系列蛋白質出現的。我想如果我們想比較它們，我需要確保它們都是基因序列，或者它們都是蛋白質序列的權利？

這裏是我使用的代碼：

handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=t ,rettype="gb") 
record = handle.read()

然後，對於一些IDS，我得到了agtc序列，別人我有一個序列，例如mwvllvffll tltylfwpkt。他們是蛋白質嗎？

我被困在這裏，我不知道接下來要做什麼。

來源

2013-12-19 Haohan Wang

您應該先閱讀Biopython Tutorial，其中涵蓋了所有基本知識。您的問題非常簡單（假設您已經知道如何使用Python進行編程）：讀取基因名稱或登錄ID，檢索序列，比對序列，然後生成摘要信息（百分比同一性，百分比同源性，缺口得分等）。）。所有這些功能都包含在教程和cookbook中。在使用單獨的類和方法時，Biopython API documentation也非常有用。

祝你好運！

來源

2013-12-19 15:26:11 MattDMo

謝謝。 @MattDMo，我改變了一點問題，可否請你看看？ –

你是對的，有些是蛋白質，有些是核酸。沒有看到你的整個代碼，我不知道你爲什麼混合使用序列，但它可能與你使用的accession ID有關。我的建議是在Entrez網站上瀏覽一遍，然後嘗試手動搜索您的輸入內容，並查看您獲得的結果類型。例如，以「NP_」開頭的ID將是蛋白質序列，而「NM_」是DNA。您也可以在代碼中進行一些理智檢查，以便如果返回的序列含有氨基酸，並且您只想比較DNA，則會發生錯誤。 – MattDMo

如果您真的瞭解了這一點，您應該瞭解電子價值分數的含義等。高分數和低e值對應更好的相似性。

您必須比較相同的類型，但如果您想比較核苷酸與蛋白質，無論如何首先將dna翻譯成蛋白質。

查看NCBI，ENSEMBL，EBI網站。它們爲您提供幾乎所有您需要的工具。

如果你有很多要比較的序列，使用biopython會很明智，但首先應該像MattDMo所說的那樣瞭解這本烹飪書。在互聯網上查看其他程序員是如何嘗試理解他們的代碼的。

祝你好運

來源

2013-12-25 19:28:01 mehmet

給定基因名稱的基因的相似性，在BioPython

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