轉換4D .nii文件，png格式

我有一個4D .nii文件就像從「filtered_func_data.nii」：https://nifti.nimh.nih.gov/nifti-1/data]轉換4D .nii文件，png格式

通過加載數據和訪問IMG場：

S = load_nii('filtered_func_data.nii') 
S = 

     hdr: [1x1 struct] 
    filetype: 2 
fileprefix: 'filtered_func_data' 
    machine: 'ieee-be' 
     img: [4-D int16] 
    original: [1x1 struct] 

A = S.img

與尺寸：

size(A)

答案=

64 64 21 180

因此，數據由深度/切片數量爲21，幀數爲180的64x64圖像組成。有人可以幫助我將此.nii數據轉換爲21 * 180 = 3780 png圖像，大小爲64 * 64？另外，我想刪除每個時間過程的最後10個切片。

來源

2017-08-03 user1603454

首先，你可以像這樣通過indexing the array刪除最後一個10個的圖像體積：

A = A(:, :, :, 1:170);

你還需要將數據轉由16-bit signed integers到16-bit unsigned integers，因爲int16不支持PNG文件（作爲評論中顯示的錯誤消息）。我對這樣的醫學圖像的經驗是，絕大多數圖像數據位於正範圍，有一些虛假的負像素值，所以你可能會罰款只是將負值清零並轉換爲unsigned integer（你可能想看看你的像素值的直方圖，可以肯定的）：

A = uint16(A); % Convert to unsigned, zeroing out negative values

現在，當你創建你所有的PNG圖片，你可能會想生成具有切片和時間的文件名它的指標，所以你可以識別和排序他們更容易。你也可以遍歷每64由-64圖像，使用sprintf生成一個文件名，並使用imwrite創造像這樣的形象：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A); 
for iSlice = 1:nSlices 
    for iTime = 1:nTimes 
    fileName = sprintf('%s_%d_%d.png', S.fileprefix, iSlice, iTime); 
    imwrite(A(:, :, iSlice, iTime), fileName); 
    end 
end

如果你想減少對你產生的文件數，您可以將每個圖像體積的21個切片收集到5×5的馬賽克中，從而爲您提供每個時間點的一個較大的圖像（320×320）。你可以這樣做如下，使用cell arrays，mat2cell和cell2mat：

[nRows, nCols, nSlices, nTimes] = size(A); 
for iTime = 1:nTimes 
    C = cat(3, A(:, :, :, iTime), zeros(nRows, nCols, 4)); % Pad with 4 empty slices 
    C = mat2cell(C, nRows, nCols, ones(1, 25)); % Place each slice in a cell 
    C = cell2mat(reshape(C, 5, 5).');   % Reshape cell array and make mosaic 
    fileName = sprintf('%s_%d_.png', S.fileprefix, iTime); 
    imwrite(C, fileName); 
end

來源

2017-08-03 04:46:45 gnovice

謝謝您的回答。我試了一下，它給了我這個錯誤：警告：數據丟失和意外的結果可能會發生在帶符號的像素數據。 > In imwrite（line 447）錯誤使用writepng> parseInputs（line 290）預期輸入爲以下類型之一：double，single，logical，uint8， uint16 而是其類型爲int16。 writepng錯誤（第20行） [results，unmatched] = parseInputs（data，map，filename，varargin {：}）; imwrite錯誤（行472） feval（fmt_s.write， - 它沒有創建任何PNG文件和fileName只是1 * 26矢量與一個單元格填充filtered_func_data_1_1.png – user1603454

@ user1603454：我更新了答案解決錯誤 – gnovice

謝謝你現在的工作:) – user1603454

轉換4D .nii文件，png格式

回答

相關問題