2014-10-29 50 views
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今天我看到關於新添加到stringi包,你將能夠給個說法"overlap=TRUE"增加一些stringi搜索功能的新職位。使用stri_count_fixed與重疊= TRUE返回的參數數量不正確的錯誤

這是post

不過,我已經試過了bartektartanus建議(從安裝到範例)確切的代碼,當我運行它,我得到的參數(3)數目不正確的錯誤,因爲「stri_count_fixed」預計2

> library("stringi", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library") 
> DNAlst<-list("CAAACTGATTTT","GATGAAAGTAAAATACCG","ATTATGC","TGGA","CGCGCATCAA") 
> dna <- stri_paste(rep(c("A","C","G","T"),each=4),c("A","C","G","T")) 
> result <- t(sapply(DNAlst, stri_count_fixed,pattern=dna,overlap=TRUE)) 
Error in .Call("stri_count_fixed", str, pattern, overlap, PACKAGE = "stringi") : 
    Incorrect number of arguments (3), expecting 2 for 'stri_count_fixed' 
> colnames(result) <- dna 
Error in colnames(result) <- dna : object 'result' not found 

我想知道這是因爲這是真正新的東西,或者如果我做錯了什麼。

Devtools版本:1.6
Stringi版本:0.3-1
[R版本3.1.1 =(RRO 8.0測試版)在Windows 8.1

回答

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的問題,因爲r爲試圖找到Rtools,但它不能。系統捷徑是錯誤的。而你需要Rtools才能正確執行devtools。 可悲的是,我想通了,這個時候我在做什麼,即使Rtools和devtools笑完全無關的東西......

> library("devtools", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library") 
WARNING: Rtools is required to build R packages, but the version of Rtools previously 
installed in F:/Program Files/Rtools has been deleted. 

後從該cran link重新安裝Rtools,節目擔任它應該。

但是,安裝此版本的stringi花了將近半小時才完成。

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運行
64bits的你可能已經安裝了它錯了。這個重疊有單獨的分支。新版本stringi 0.3是goning將很快發佈和重疊尚未包含:)但是它會隨着0.4版,當我們正確地對它進行測試。所以現在開始,從這個分支安裝:發生fixed_overlap

library('devtools') # call install.packages('devtools') first 
install_github('Rexamine/stringi', ref = "fixed_overlap") 
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不幸的是我已經運行這個確切的代碼: install.packages( 'devtools');庫( 'devtools'); install_github('Rexamine/stringi',ref =「fixed_overlap」)。就像你提到的一樣。 我甚至嘗試卸載stringi和devtools,它不斷地安裝stringi v.0.3,任何其他建議? – 2014-10-30 14:16:47

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