dna-sequence

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我真的很難學習Python 3，現在我正在爲這一個練習而努力。我必須寫一個函數，使用兩個參數： 1）它是一種DNA序列的字符串。 2）相同的長度作爲參數酮（也DNA序列）函數必須返回一個浮子（那是在兩個DNA序列相同的鹼基比例的字符串）。所以，我知道我必須寫，這將返回類似這樣的功能： seq_similarity("ATGC","AGTT") 應該返回 0.75 我只走到這一步，現在

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進入特徵的DNA序列

我有一個數據集包含DNA序列，我想將它們轉換成數字表示。本文件中：這是什麼過程（轉變），我想搜索一下嗎？如何在python中應用它？它可以作爲一個大數組，作爲數據集輸入嗎？

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uppered DNA轉錄與循環

這是我必須實現我的目標，如標題中所述的代碼。我現在似乎遇到的問題是第二行代碼。我添加它的那一刻，程序停止工作，沒有給我一個錯誤。先謝謝您的幫助。 seqDNA = input() seqDNA = seqDNA.upper() comp = '' for c in seqDNA: if c == 'a': comp = comp + 'u' elif c ==

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循環通過配對結束fastq讀取

如何循環通過配對結束fastq文件？對於單端讀取，你可以做以下 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- yield(strm) if (length(fq) == 0) break #do things writeFasta(fq,

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計數沒有。蟒蛇中的一個字中的子字符串

counter=0 i=0 dna_string = "CGATATATCCATAG" if dna_string[i:i+len("ATA")]=="ATA": counter=counter+1 print (counter) 0 我試圖數數。在dna_string中出現的「ATA」這應該給出3的答案，但它給出了0！

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DNA序列python的計算編輯距離

所以我給出了對齊2個DNA序列中最低成本的任務。一個失敗的輸入是 CGCAATTCTGAAGCGCTGGGGAAGACGGGT & TATCCCATCGAACGCCTATTCTAGGAT 在正確對準成本24，但我得到的23 成本，我要讀的切換成本基礎說，一個A - > T，G - > C等等我給出的成本文件是 *,-,A,T,G,C -,0,1,2,1,3 A,1,0,1,5,1 T,2

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正確的邊緣重組交叉DNA裝配

我試圖實現遺傳算法將DNA片段組裝成一個只給出光譜序列。我唯一的運營商是Edge Recombination，我確信它足以獲得相當不錯的結果。但是......我無法擊敗80％（最佳分數的百分比），並且有500個碎片的實例可能需要2小時（如果在100次迭代中沒有改善，算法會停止）。我甚至執行它的權利？我沒有發現任何交叉運營商應該選擇匹配更好的元素（片段重疊 - 在大多數論文中，它只是我們挑選的），

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使用混亂的比賽表示對基因序列[Python程序]

我需要使用混亂的遊戲表現，我從波斯蒂安Cigan的博客（https://bostjan-cigan.com/chaos-game-representation-of-gene-structure-in-python/）作者這個Python代碼代表許多基因序列：波斯蒂安Cigan https://bostjan-cigan.com import collections from coll

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matplotlib中的序列標識：aligning xticks

我想用matplotlib繪製sequence logos。整個代碼可以在gist 有關部分是： class Scale(matplotlib.patheffects.RendererBase): def __init__(self, sx, sy=None): self._sx = sx self._sy = sy def draw_path(se

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picewise將它們上升到2的冪後從子串求和元素

假設有一個函數。該函數將字符串作爲參數。該函數是一個類的函數之一。收到一個字符串後，它會根據子字符串計算一些變量。在該過程的一部分中，我需要將鍵值對附加到字典中。這些值應該從所提到的字符串的幾個部分計算，但每個char需要（在轉換爲int之後）被提升爲2的特定冪。權力從0增加到子串結尾。我怕我不知道如何解決提高電源的兩個incementation部分： self.topologia = {