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R中的系統發生MANOVA？

2013-05-31 92 views

回答

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sos包是你的朋友：

library('sos') 
findFn('phylogenetic MANOVA')

好像geiger包和更精確地aov.phylo進行系統發育ANOVA或MANOVA。

這裏從幫助一個例子：

library(geiger) 
geo=get(data(geospiza)) 
dat=geo$dat 
d1=dat[,1] 
grp<-as.factor(c(rep(0, 7), rep(1, 6))) 
names(grp)=rownames(dat) 

## MANOVA 
x=aov.phylo(dat~grp, geo$phy, nsim=50, test="Wilks") 
Multivariate Analysis of Variance Table 

Response: dat 
      Df Wilks approx-F num-Df den-Df Pr(>F) Pr(phy) 
group  1 0.27872 3.6229  5  7 0.061584 0.549 
Residuals 11

來源

2013-05-31 12:11:48 agstudy

+0

謝謝！多麼優秀的軟件包sos - 我以前沒有遇到過！ 關於蓋革，你有任何關於測試選擇的建議嗎？我知道這個例子使用了Wilks，但是R的MANOVA使用了Pillai這個選項，而其他選項似乎是「Hotelling-Lawley」和「Roy」...... – Sarah

+0

啊，這些小插曲說：「summary.manova方法使用Wilks'統計量在文獻中最爲流行，但Hand和Taylor（1987）推薦使用默認的Pillai-Bartlett統計量。 Hand，D.J.and Taylor，C.C。（1987）方差和重複測量的多變量分析。查普曼和霍爾。 – Sarah

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有沒有辦法爲連續數據做同樣的事情？這隻適用於分類獨立變量。 – Sarah

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