VMD中的默認表示/繪圖方法

在VMD中，我想要使用繪圖方法CPK加載每個新文件。由於某些技術原因，這似乎不是在.vmdrc文件中的選項。VMD中的默認表示/繪圖方法

如何從VMD命令行執行此操作（以便我可以創建腳本）？或者是否有其他解決方案/解決方法/黑客使這項工作？

2017-02-13 Jonatan Öström

有幾種方法可以實現你想要什麼：

（1）把下面的行放在.vmdrc

mol default style CPK

（2）使用VMD首選項面板（最後的正確位置項目在主窗口的擴展菜單中）來生成符合您的期望的.vmdrc文件。您正在查找的設置位於「表示法」選項卡中。

（3）爲更高級的設置（即默認設置應用於已經加載時VMD讀取啓動.vmdrc文件分子），你可以使用下面的（對我的作品在VMD 1.9.2）：

proc reset_viz {molid} { 
    # operate only on existing molecules 
    if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} { 
    # delete all representations 
    set numrep [molinfo $molid get numreps] 
    for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} { 
     mol delrep $i $molid 
    } 
    # add new representations 
    mol representation CPK 
    # add other representation stuff you want here 
    mol addrep $molid 
    } 
} 

proc reset_viz_proxy {args} { 
    foreach {fname molid rw} $args {} 
    eval "after idle {reset_viz $molid}" 
} 

## put a trace on vmd_initialize_structure 
trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy 

after idle { 
    if { 1 } { 
    foreach molid [molinfo list] { 
     reset_viz $molid 
    } 
    } 
}

這段代碼改編自Axel Kohlmeyer website。

HTH，

來源

2017-02-15 11:13:40 Eiffel

我試着在''.vmdrc'文件中加入'mol默認樣式CPK'，但它不會改變任何東西。我知道文件正在被讀取，因爲文件中的後續命令被執行（定義顏色，關閉軸等）。我在Linux上運行VMD 1.9.2。你使用的是什麼版本和系統？ –

我離開了設置，剛剛意識到，雖然直接從命令行加載結構時不起作用，例如'$> vmd my.pdb my.dcd'，但它在打開應用程序後加載結構時工作正常。這比沒有好，但大多數時候我直接從命令行打開文件，所以它沒有什麼幫助。 –

@ StevenC.Howell：你說得對。 VMD首先從您的命令行加載結構文件，然後才加載您的vmdrc文件。因此前兩個選項將不起作用。但最後的解決方案就是你要找的東西：它向你的vmdrc添加一個函數，修改已經加載的分子**的表示形式。您只需修改'mol representation CPK'行（或添加下面的其他命令）以適合您最喜歡的表示形式。 – Eiffel

我找到了一個方便的解決方案。在.bashrc補充：

vmda() { 
    echo -e " 
    mol default style CPK 
    user add key Control-w quit 
    " > /tmp/vmdstartup 
    echo "mol new $1" > /tmp/vmdcommand 
    vmd -e /tmp/vmdcommand -startup /tmp/vmdstartup 
}

看的結構與

vmda file.pdb

與Ctrl+w關閉窗口（退出應用程序），像其他窗口。

來源

2017-05-31 17:09:38

VMD中的默認表示/繪圖方法

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