BioPython：如何氨基酸字母轉換爲

Question

在討論如何使用Bio.SeqIO.parse（）導入序列數據時，BioPython食譜指出：

有一個可選的參數字母來指定要使用的字母表。這對於FASTA等文件格式非常有用，否則Bio.SeqIO將默認使用通用字母表。

如何添加此可選參數？我有以下代碼：

from os.path import abspath 
from Bio import SeqIO 

handle = open(f_path, "rU") 
records = list(SeqIO.parse(handle, "fasta")) 
handle.close() 

這會從UniProt數據庫中導入大量FASTA文件。問題在於它在通用的SingleLetterAlphabet類中。如何在SingleLetterAlphabet和ExtendedIUPACProtein之間進行轉換？

最終目標是通過這些序列搜索GxxxG等基序。

Answer 1

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# Import required alphabet 
from Bio.Alphabet import IUPAC 

# Pass imported alphabet as an argument for `SeqIO.parse`: 
records = list(SeqIO.parse(handle, 'fasta', IUPAC.extended_protein))