從沒有2D數組的Matrix文件讀取座標？

Question

我目前正在研究一個程序（生物信息學項目），涉及讀取多個文件，包括矩陣，並將結果輸出到另一個文件。我遇到的最大麻煩是如何像讀取座標系一樣讀取矩陣文件（缺少更好的術語）？有沒有簡單的方法來做到這一點，而不使用二維數組？舉例來說，如果我有以下的氨基酸：

的fileA：CTTNCLAPLA FILEB：CTTNSITPVA

然後程序會讀取兩個文件，比較每個字母，並參考矩陣找到對應的數字到兩個字母，這又決定了fileA中的一個字母變爲fileB中的一個字母的概率。

由於在每個文件中的第一個字母是C，則程序將讀取在一個單獨的文件中的矩陣和輸出：

C T T N C L A P L A 
| | | | . : : | : | 
C T T N S I T P V A 

的「」意味着根據矩陣的數字是0但不是相同的字母，「|」表示該字母相同，「：」表示該數字大於零，但不是同一個字母。

下面是矩陣的一部分（其餘不適用）： 注意：我必須使用的矩陣位於.csv文件中，並且不包含空格。

_, A, R, N, D, C 
A, 2,-2, 0, 0,-2 
R,-2, 6, 0,-1,-2 
N, 0, 0, 2, 2,-4 
D, 0,-1, 2, 4,-5 
C,-2,-4,-4,-5,12 

我很抱歉，如果我的解釋混亂。如果您需要澄清，請告訴我。任何幫助是極大的讚賞。提前致謝！

Answer 1

爲了避免二維數組，可以使用一維數組與線性指標，並實現方便的輔助函數來轉換2D座標線陣指數 - 喜歡這裏Linear indexing in symmetric matrices

Answer 2

我只是想創建一個類/結構，然後創建一組對象。這應該可以消除您對二維數組的需求。