R：置信區間被部分地用GGPLOT2顯示（使用geom_smooth（））

我有以下簡易R代碼：R：置信區間被部分地用GGPLOT2顯示（使用geom_smooth（））

disciplines <- c("A","C","B","D","E") 
# To stop ggplot from imposing alphabetical ordering on x-axis 
disciplines <- factor(disciplines, levels=disciplines, ordered=T) 

d1 <- c(0.498, 0.521, 0.332, 0.04, 0.04) 
d2 <- c(0.266, 0.202, 0.236, 0.06, 0.06) 
d3 <- c(0.983, 0.755, 0.863, 0.803, 0.913) 
d4 <- c(0.896, 0.802, 0.960, 0.611, 0.994) 

df <- data.frame(disciplines, d1, d2, d3, d4) 
df.m <- melt(df) 
graph <- ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) + 
     geom_point() + 
     geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) + 
     scale_x_discrete(name="Disciplines") + 
     scale_y_continuous(limits=c(-1,1), name="Measurement")

輸出看起來像這樣： enter image description here

爲什麼置信區間不沿整個曲線顯示？

注：

我不希望有fullrange=TRUE因爲那只是產生一個單一的直線藍線，而不是在電流輸出的鋸齒形狀。
我比較該圖與具有在負值另一個情節（0，-1]的範圍，這就是爲什麼在y軸上具有limits=c(-1,1)）

來源

2013-10-02 Chthonic Project

對於置信區間的前三段，範圍的頂端至少部分超出範圍（邊界是[-1,1]，而不是軸上稍微擴大的範圍）。 ggplot的默認行爲是不顯示任何部分超出界限的對象。您可以通過添加oob=scales::rescale_none到scale_y_continuous解決這個問題：

library(scales) 
graph <- ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) + 
     geom_point() + 
     geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) + 
     scale_x_discrete(name="Disciplines") + 
     scale_y_continuous(limits=c(-1,1), name="Measurement", oob=rescale_none)

來源

2013-10-03 00:02:40

這工作！感謝您的快速回答。我正盯着y軸的下半部分，認爲有些事情是錯誤的......但我忘記了上限是1.0！置信區間只是稍微超出了一點點。我有一種感覺，你的回答爲我在R-infested未來中搜索了很多小時。 –

請注意，您需要明確加載'scales'包。 – mnel

@Noam Ross，在'？continuous_scale'裏面只寫着「oob：\t 如何處理超出範圍限制的值（超出範圍）？'。我在哪裏可以閱讀更多關於」該做什麼「的內容？ – Henrik

更好的記錄，也許更直觀，解決辦法是簡單地使用coord_cartesian：

ggplot(df.m, aes(group=1,disciplines,value,colour=variable,shape=variable)) + 
     geom_point() + 
     geom_smooth(stat="smooth", method=loess, level=0.95) + 
     scale_x_discrete(name="Disciplines") + 
     coord_cartesian(ylim = c(-1,1))

來源

2013-10-03 02:20:37 joran

R：置信區間被部分地用GGPLOT2顯示（使用geom_smooth（））

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