ggplot2：如何獲得geom_smooth中預測的穩健置信區間？

考慮這個簡單的例子ggplot2：如何獲得geom_smooth中預測的穩健置信區間？

dataframe <- data_frame(x = c(1,2,3,4,5,6), 
         y = c(12,24,24,34,12,15)) 
> dataframe 
# A tibble: 6 x 2 
     x  y 
    <dbl> <dbl> 
1  1 12 
2  2 24 
3  3 24 
4  4 34 
5  5 12 
6  6 15  

dataframe %>% ggplot(., aes(x = x, y = y)) + 
geom_point() + 
geom_smooth(method = 'lm', formula = y~x)

這裏的標準誤差計算使用默認選項。不過，我想用現有的穩健方差 - 協方差矩陣在包sandwich和lmtest

也就是說，使用vcovHC(mymodel, "HC3")

有沒有辦法讓一個簡單的方法使用geom_smooth()功能？

來源

2017-07-25 ℕʘʘḆḽḘ

您不能直接GGPLOT2做到這一點。您需要使用'sandwich'手動生成較高和較低的置信度帶，然後將這些帶給'geom_ribbon（）'。確保在'geom_smooth（）'中設置了'se = FALSE'，這樣只顯示'geom_ribbon'。 – Noah

@noah，有趣。你介意發佈一個解決方案嗎？ –

我很新的這整個健壯SE的事情，但我能產生以下：

zz = ' 
x y 
1  1 12 
2  2 24 
3  3 24 
4  4 34 
5  5 12 
6  6 15 
' 

df <- read.table(text = zz, header = TRUE) 
df 

library(sandwich) 
library(lmtest) 

lm.model<-lm(y ~ x, data = df) 
coef(lm.model) 
se = sqrt(diag(vcovHC(lm.model, type = "HC3"))) 
fit = predict(lm.model) 
predframe <- with(df,data.frame(x, 
           y = fit, 
           lwr = fit - 1.96 * se, 
           upr = fit + 1.96 * se)) 

library(ggplot2) 
ggplot(df, aes(x = x, y = y))+ 
    geom_point()+ 
    geom_line(data = predframe)+ 
    geom_ribbon(data = predframe, aes(ymin = lwr,ymax = upr), alpha = 0.3)

來源

2017-07-26 03:52:05 AK88

不幸的是，我不認爲你的計算是正確的 –

ggplot2：如何獲得geom_smooth中預測的穩健置信區間？

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