試圖用ggplot2的geom_smooth（）

顯示原始的和擬合的數據（nls + dnorm）我正在探索一些數據，所以我想要做的第一件事就是嘗試適應正常（高斯）分佈。這是我第一次在R中嘗試這個，所以我一次只採取一步。首先，我預先分級我的數據：試圖用ggplot2的geom_smooth（）

myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L)) 

qplot(x=size, y=counts, data=myhist)

plot1

因爲我要計數，我需要添加一個歸一化因子（N）按比例增加密度：

fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)))

然後我創建適合顯示的數據，一切都很好：

x = seq(10,30,0.2) 
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x))) 
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)

plot2

我很興奮，當我發現這個線程，其講述使用geom_smooth（）做這一切一步到位，但我不能得到它的工作：

http://www.mail-archive.com/[email protected]/msg109882.html

這是我嘗試...和我所得到的：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10)) 

Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) : 
    parameters without starting value in 'data': counts

的錯誤似乎表明，它試圖將所觀察到的變量，計數，但是這並沒有任何意義，而且可預見的怪胎，如果我指定一個計數「啓動」太超值了：

fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables 

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found

任何想法，我做錯了嗎？當然，這不是世界末日，但更少的步驟總是更好，而且你們總是爲這些常見任務提出最優雅的解決方案。

在此先感謝！

傑弗裏

來源

2010-12-07 Jeffrey Breen

你提到你正在探索數據。是否有必要使用'nls`？使用一個簡單的`ggplot（myhist，aes（x = size，y = counts））+ geom_point（）+ geom_smooth（）`可以讓你變得輕鬆愉快（我相信）。我希望有人會解釋如何讓`nls`工作，雖然......相當神祕。 – 2010-12-07 22:49:02

我來（不情願）從自然科學的統計，所以「探索」往往意味着「時間適合高斯！」。儘管如此，我認爲我發現了一些很棒的資源，比如利瑪竇的「R中的擬合分佈」（http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-distributions-en.pdf），並且這個答案在fitdistr（）（http://stackoverflow.com/questions/4290081/fitting-data-to-distributions），但沒有一箇舊的東西使用ggplot2。 – 2010-12-08 16:12:29

第一錯誤指示GGPLOT2找不到變量「計數」，這是在式中使用，在數據。

統計發生在映射後，即大小 - > x，並計數 - > y。

下面是在使用geom_smooth NLS一個例子：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + 
    geom_smooth(method="nls", formula = y ~ N * dnorm(x, m, s), se=F, 
       start=list(m=20, s=5, N=300))

的一點是，使用x和y，代替大小和計數，在式規範。

來源

2010-12-07 23:55:03 kohske

試圖用ggplot2的geom_smooth（）

回答

相關問題