管道多個文件到$變量

Question

我試圖通過各種線程在線排序，並且無法確定如何將輸出管道輸送到後續命令。我正在使用批處理腳本（通過bash）通過獨立程序連接多個文件，這需要輸入爲特定格式。

在程序中級聯的標準命令是：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUT1 $INPUT2... $INPUT n 

我已經嘗試了幾種方法來定義輸入文件，與下面的最近一次嘗試。

file=$INPUTDIR/sublist.txt 
    while read -r SUBJ; do 

for cond in "med" "nomed"; do 

for n in {01..10}; do 

INPUT="stage2_${SUBJ}_${cond}_00${n}.nii.gz" 

fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz `ls $INPUTDIR/$INPUT` 

done; done; done < $file 

然而，這導致在運行上的每個輸入的命令分別對所有輸入上運行命令（如上面在「標準命令」指出）：

fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject1 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject2 
... 
fslmerge -t $OUTPUT $INPUTDIR/subject10 

編輯： 的sublist.txt列出如下。它們按順序堆疊，我需要它們通過fslmerge連接起來。

SUB003 
SUB006 
SUB007 
SUB010 
SUB011 
SUB001 
SUB004 
SUB008 
SUB009 

對於每個條件（med，no med），每個主題都有多個組件（n）。最終，我需要運行該命令，以便連接給定條件和組件的所有主題。一個例子是：

fslmerge -t $OUTDIR/stage2_ic0001_med.nii.gz stage2_SUB003_med_0001.nii.gz stage2_SUB006_med_0001.nii.gz stage2_SUB007_med_0001.nii.gz ... stage2_SUB009_med_0001.nii.gz 

我會非常感謝任何輸入的問題和/或簡化方法！我在編碼方面比較新，對任何術語錯誤都表示真誠的歉意。我意識到我的嘗試可能嚴重脫離這個世界。

Answer 1

如果我的理解正確，您希望爲每個cond/n組合運行命令，併合並所有主題（即sublist.txt中列出的所有人）的輸入文件。是對的嗎？如果是的話，我會做的是所有科目存儲在數組中，然後使用該數組生成輸入文件的列表中爲每個主題：

subjectsfile=$INPUTDIR/sublist.txt 
subjects=() 
inputfileprefixes=() 
while read -r subj; do 
    subjects+=("$subj") # this isn't really needed, since we don't use the list directly. 
    inputfileprefixes+=("$INPUTDIR/stage2_$subj") 
done <"$subjectsfile" 

for cond in "med" "nomed"; do 
    for n in {1..20}; do 
     fslmerge -t "$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz" "${inputfileprefixes[@]/%/_${cond}_00${n}.nii.gz}" 
    done 
done 

這裏有一些略重陣掛羊頭賣狗肉。像"${arrayname[@]/%/something}"這樣的東西需要一個數組，並在每個元素的末尾粘貼「某物」。所以說主題是「愛麗絲」，「鮑勃」和「塞西爾」，INPUTDIR是「/某些/路徑」。然後subjects被設置爲("alice" "bob" "cecil"),inputfileprefixes被設置爲("/some/path/stage2_alice" "/some/path/stage2_bob" "/some/path/stage2_cecil")，並且對於每個cond/n組合，它在適當的後綴上粘貼並將該列表傳遞給fslmerge，所以命令如fslmerge -t $OUTPUT/stage2_ic001_med.nii.gz /some/path/stage2_alice_med_001.nii.gz /some/path/stage2_bob_med_001.nii.gz /some/path/stage2_cecil_med_001.nii.gz那樣出現。

警告：這沒有完全測試，我不完全確定我理解這個問題的權利。在執行此操作前備份一切重要的東西，以防它做一些愚蠢的事情。順便說一下，我建議不要使用全大寫的變量名（有些是保留的，你會錯誤地使用其中的一個，奇怪的事情會發生）。另外，在變量的值包含空格或其他shell元字符的情況下，對包含變量擴展的字符串進行雙引號是個好主意（就像我在"$OUTPUT/stage2_ic00${n}_${cond}.nii.gz"中所做的那樣）。