可視化大圖

我有一個包含690,024個節點和7,398,042個邊的圖並希望將其可視化。我已經使用graphviz的點和gephi，但由於內存不足而終止。有沒有辦法解決這個問題？可視化大圖

2013-03-27 AliBZ

你有多少內存？圖表的格式是什麼？ – 2013-03-27 18:58:00

我有24GB的內存，目前我的圖形是點格式，但我不能將它改變成任何東西。 – AliBZ 2013-03-27 18:59:23

Gephi根據在JVM中分配給它的內存量有一個限制。檢查這個http://gephi.org/users/requirements/進行更改。我建議使用Stanford Network Analysis Platform (SNAP)。
核心SNAP庫以C++編寫，並針對最佳性能和緊湊圖形表示進行了優化。
它可以輕鬆擴展到擁有數億個節點和數十億條邊緣的海量網絡。它可以高效地處理大圖，計算結構屬性，生成規則和隨機圖，並支持節點和邊上的屬性。除了大圖的可伸縮性之外，SNAP的另外一個優點是圖形或網絡中的節點，邊和屬性可以在計算過程中動態地改變。

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2013-03-29 23:43:29 Zero

嘗試Tulip。我已經下載了源代碼並重新編譯，安裝Qt SDK後很容易。

編輯我認爲，對於大圖graphviz的處理器應該是sfdp，看到的第一個討論（加載非常大的圖形失敗）

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2013-03-27 19:22:28 CapelliC

鬱金香適用於較小的圖表，但對於我的圖表來說，它在一天之後會崩潰。 – AliBZ 2013-03-30 00:24:47

你可能要考慮Hive plots如果您需要形象化的所有邊緣之間的關係這個尺寸的圖表。如果需要構建一個顯示節點和邊界的圖形，則可能需要嘗試igraph，它具有Python和R接口。我通過R使用igraph構建了一些非常大的圖，但是我不記得內存要求（這可能依賴於數據）。

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2013-03-27 19:41:38 SES

我們一直在構建http://www.github.com/graphistry/pygraphistry，以便在大多數瀏覽器和筆記本電腦上實現此功能。這個想法是使用WebGL渲染大圖（pan/zoom /等），並將大部分實時計算（佈局，過濾器等）卸載到GPU雲中。它與Gephi和Cytoscape類似，但更多側重於擴展大圖和簡化數據分析，並集成到Web應用程序和筆記本電腦環境中。

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2015-11-04 18:08:37

LGL使用在這種情況下工作的靜態可視化 - 至少在幾年前:)

http://lgl.sourceforge.net/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15184029?dopt=Abstract

我用它如一個數字： https://static-content.springer.com/image/art%3A10.1186%2F1471-2105-7-276/MediaObjects/12859_2006_Article_1015_Fig2_HTML.jpg

在紙： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-7-276 其中數據具有相當數量的節點和邊緣。

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2016-04-19 14:00:58 MichalO

年輕人真是太好了。還是那麼仁慈，勇敢，給我發一封真實姓名的電子郵件。我想和你的論文主管談談。 Pozdrowienia，MichałOkoniewski，dr hab，蘇黎世聯邦理工學院。 – MichalO 2016-04-21 07:08:54

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