錯誤加載共享庫

您好我的全部生物信息學的學生和工作GROMACS，而對於模擬準備，我收到此錯誤錯誤加載共享庫

[根@計算-0-3斌]＃ pdb2gmx -f模型317.pdb - 水SPCE

pdb2gmx：錯誤而載入共享庫：libmpi.so.0：無法打開共享對象文件：沒有這樣的文件或目錄**

如何解決這個問題？

來源

2013-09-27 user2595474

您必須首先找出用於構建GROMACS可執行文件的MPI實現。它可以是Open MPI，MPICH，MVAPICH，Intel MPI等。然後，您必須確保庫已安裝在節點上。（誰給了你一個計算節點的root權限？！） –

你必須設置你可以查看更多MPI - error loading shared libraries

感謝&關於LD_LIBRARY_PATH，
阿洛克Thaker

來源

2013-09-27 11:47:12

我認爲它是有用使用strace -eopen COMMAND看到哪些文件實際上是搜索，和打開哪些返回碼給每個人。例如：

$ strace -eopen echo foo 
open("/etc/ld.so.cache", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
open("/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
open("/usr/lib/locale/locale-archive", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 3 
foo

使用這個技巧來驗證它是否只是設置錯誤的路徑。

另外libmpi.so.0可能沒有正確安裝。您可能有文件libmpi.so.0.1.2.3，並且您需要運行ldconfig或手動創建從libmpi.so.0到libmpi.so.0.1.2.3的符號鏈接。查看更多關於爲什麼共享庫可能會在此處附加不同編號的問題：http://tldp.org/HOWTO/Program-Library-HOWTO/shared-libraries.html

來源

2013-09-27 11:57:35

'ldd -r COMMAND'幾乎是一樣的，只是它沒有顯示'dlopen（）'-ed庫。 –

是的。但是，當庫缺失時'ldd'不是很有用，因爲它不告訴你已經嘗試過哪些路徑。 –

錯誤加載共享庫

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