循環遍歷R中某個目錄中的所有文件

這是我第一次使用R，我只需要輸入一些包含一些文件的包並將輸出保存在其他文件中。我有一個目錄，其中有一些帶有「.pdb」文件擴展名的文件。我需要在for循環中遍歷每個文件，應用一些函數，並將每個文件的輸出保存在一個文件中，以後我可以在Matlab中使用它。循環遍歷R中某個目錄中的所有文件

這些是我希望應用於每個.pdb文件的函數。

p=extractPDB("1HXH.pdb") 
cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm

cm是我想保存在一個文件中的輸出矩陣，以後在Matlab中使用。

來源

2015-09-10 user5254998

你已經試過了什麼？爲什麼它不起作用？從小處着手：你將如何處理一個文件？你如何導出它？如果你能做到這一點，看看你如何找到目錄中的所有文件（提示：'list.files'）並重復你的操作。 – Heroka

如果'.pdb'文件是'Protein Data Bank'，您可以使用[readpdb]（http://it.mathworks.com/help/bioinfo/ref/pdbread.html）函數直接在MatLab中打開它們 –

使用特定擴展名的文件循環很容易。其實你循環的文件名。

獲得目錄中的所有文件的列表
只獲取PDB結尾的文件
碾過名

了循環，你可能需要更改使用setwd

工作目錄

all.files <- list.files() 
my.files <- grep(".*pdb", all_files, value=T) 
for(i in my_files){ 
    # do your operations here 
    p=extractPDB("1HXH.pdb") 
    cm<-build.contacts(n=p$lca,xyz=p$coords,cuts=169)$cm 
    # save 
    output.filename <- gsub("(.*?).pdb", "\\1.csv", i) 
    write.table(cm, output.filename) 
}

保存文件有很多選項，用於讀取matlab文件，可能是最好的將矩陣保存爲csv文件。查看write.table的文檔並調整參數，以便閱讀。

來源

2015-09-10 10:55:50 snaut

循環遍歷R中某個目錄中的所有文件

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