循環遍歷R中的同一目錄中的所有文件

Question

以下代碼爲R中的所有文件。實際上我爲此做了一個for循環，但是當我運行它時，它只會應用於一個文件而不是所有文件。順便說一句，我的文件沒有標題。

Answer 1

您使用[[子集peaks。但是，在使用文件名讀取它之後，它是一個數據框，然後不再引用文件名。因此，你只需要擺脫[[i]]。

for (i in filelist.coverages) { 
    peaks <- read.delim(i, sep='', header=F) 
    PeakSizes <- c(PeakSizes, peaks$V3 - peaks$V2) 
} 

通過使用迭代i內read.delim()其每次保存新文件名，每一個R會通過循環時間，peaks將有一個新的文件的內容。

Answer 2

在您的代碼中，i正在引用名稱文件。改用指數。

而且，順便說一下，不要使用setwd，在list.files中使用full.names = TRUE選項。並預先分配PeakSizes這樣的：PeakSizes <- numeric(length(filelist.coverages))。

所以做：

filelist.coverages <- list.files('K:/prostate_cancer_porto/H3K27me3_ChIPseq/', 
           pattern = 'island.bed', full.names = TRUE) 

##all 97 bed files 
PeakSizes <- numeric(length(filelist.coverages)) 
for (i in seq_along(filelist.coverages)) { 
    peaks <- read.delim(filelist.coverages[i], sep = '', header = FALSE) 
    PeakSizes[i] <- peaks$V3 - peaks$V2 
} 

或者你可以簡單地使用sapply或purrr::map_dbl：

sapply(filelist.coverages, function(file) { 
    peaks <- read.delim(file, sep = '', header = FALSE) 
    peaks$V3 - peaks$V2 
})