循環遍歷R中的文件夾中的所有文件

Question

我想導入文件夾中的所有文件，轉換文件，然後使用相同的名稱導出它們，但使用不同的擴展名。在我的特定情況下，我想150個承上啓下文件（.nex）轉換爲FASTA文件（.fasta）

這是怎樣的代碼看起來如果我去做了一個接一個：

library(ape) 
gen1 <- read.nexus.data("gen1.nex") #import nexus file 
write.dna(gen1, file = "./fastas/gen1.fasta", format = "fasta") #export fastafile 

但現在我無法在一次運行中完成150個文件的工作循環。這是我的嘗試：

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (i in filenames){ 
i <- read.nexus.data(i) 
write.dna(i, file = "./fastas/i.fasta", format = "fasta") 
} 

當我運行這段代碼，我只得到一個名爲「i.fasta」一個文件，而不是150個文件名爲gen1.fasta，gen2.fasta，DNAsequence1.fasta，DNAsequence2.fasta等等。我應該如何改變for-loop來使其工作正確？使用粘貼功能時

Answer 1

你需要1）包括i字符串給FASTA文件名中的數值，2）不重寫i當你加載你的nexus文件。

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (i in filenames){ 
    dat <- read.nexus.data(i) 
    write.dna(dat, file = sprintf("./fastas/%s.fasta", i), format = "fasta") 
} 

Answer 2

解決方案很簡單：

library(ape) 
filenames = dir(pattern="*.nex") 
for (f in filenames){ 
    i <- read.nexus.data(f) 
    write.dna(i, file = paste0("./fastas/",f,".fasta"), format = "fasta") 
}