在兩點之間着色一個內核密度圖。

Question

我經常使用核心密度圖來說明分佈。這些都是很容易和快速R中創造像這樣：

set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 
plot(dens) 
#or in one line like this: plot(density(rnorm(100)^2)) 

這給了我這個可愛的小PDF：

我想樹蔭從第75的PDF下面積到第95百分位。這很容易使用quantile函數來計算得分：

q75 <- quantile(draws, .75) 
q95 <- quantile(draws, .95) 

但我怎麼遮蔭q75和q95之間的區域？

Answer 1

隨着polygon()函數，請參閱其幫助頁面，我相信我們也有類似的問題。

您需要找到分位數值的索引以獲得實際的(x,y)對。

編輯：在這裏你去：

x1 <- min(which(dens$x >= q75)) 
x2 <- max(which(dens$x < q95)) 
with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray")) 

輸出（由JDL加）

Answer 2

另一種解決方案：

dd <- with(dens,data.frame(x,y)) 
library(ggplot2) 
qplot(x,y,data=dd,geom="line")+ 
    geom_ribbon(data=subset(dd,x>q75 & x<q95),aes(ymax=y),ymin=0, 
       fill="red",colour=NA,alpha=0.5) 

結果：

Answer 3

的擴展的解決方案：

如果你想樹蔭兩個尾巴（複製&粘貼的德克的代碼），並使用已知的x值：

set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 
plot(dens) 

q2  <- 2 
q65 <- 6.5 
qn08 <- -0.8 
qn02 <- -0.2 

x1 <- min(which(dens$x >= q2)) 
x2 <- max(which(dens$x < q65)) 
x3 <- min(which(dens$x >= qn08)) 
x4 <- max(which(dens$x < qn02)) 

with(dens, polygon(x=c(x[c(x1,x1:x2,x2)]), y= c(0, y[x1:x2], 0), col="gray")) 
with(dens, polygon(x=c(x[c(x3,x3:x4,x4)]), y= c(0, y[x3:x4], 0), col="gray")) 

結果：

Answer 4

這個問題需要一個lattice的答案。這裏是一個非常基本的一個，簡單地適應德克和其他人所使用的方法：

#Set up the data 
set.seed(1) 
draws <- rnorm(100)^2 
dens <- density(draws) 

#Put in a simple data frame 
d <- data.frame(x = dens$x, y = dens$y) 

#Define a custom panel function; 
# Options like color don't need to be hard coded  
shadePanel <- function(x,y,shadeLims){ 
    panel.lines(x,y) 
    m1 <- min(which(x >= shadeLims[1])) 
    m2 <- max(which(x <= shadeLims[2])) 
    tmp <- data.frame(x1 = x[c(m1,m1:m2,m2)], y1 = c(0,y[m1:m2],0)) 
    panel.polygon(tmp$x1,tmp$y1,col = "blue") 
} 

#Plot 
xyplot(y~x,data = d, panel = shadePanel, shadeLims = c(1,3))