粒子可視化在Linux中

Question

我已生成的方案的文件

X \泰\ TZ \噸電荷\噸型\噸ID

，我想在一個類似的顯示它們的這張圖片的方法：

我還需要有能力瀏覽我的模擬空間（旋轉它，放大和縮小）。我試過rasmol和pymol，但他們不會用我簡單的文件格式說話。

有沒有其他工具可以做到這一點，我沒有找到？ 編輯：解決方案 我已經創建了一個小程序來將我的數據轉換爲xyz格式。

Answer 1

可能更容易將程序更改輸出數據的通用格式之一，如

XYZ：http://openbabel.org/wiki/XYZ_%28format%29

GRO：http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html

或者，創建一個小的程序，將數據轉轉換爲常用格式之一。這比從頭開始創建可視化程序的工作少得多。

Answer 2

您可以使用mayavi2 point3d函數進行這樣的繪圖。或者任何其他基於vtk的軟件。 Mayavi2允許您瀏覽3D空間並允許立體渲染（press「3」）。

import enthought.mayavi.mlab as mlab 
from numpy.random import random 
mlab.point3d(random(1000), random(1000), random(1000),range(1000)) 

Answer 3

PYMOL可以完美地處理該類型的數據。在你的情況下，你可以把每個點轉換成一個球體，像

pseudoatom BEAD3, pos=[26.8600, 79.4690, 135.9360], b=-67.927313 
cmd.show("spheres","BEAD3") 

對我來說它很好用。