備用編譯器安裝的R程序包：錯誤安裝rJava

我想有R版本3.4.0在OS X 10.11.6安裝rJava包：備用編譯器安裝的R程序包：錯誤安裝rJava

install.packages("rJava", type = "source")

，我得到以下錯誤：

clang -o libjri.jnilib Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o -dynamiclib -framework JavaVM -fopenmp -L/usr/local/lib -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv  
clang: error: unsupported option '-fopenmp' 
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1 
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2 
make: *** [jri] Error 2 
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

從我所知道的情況來看，clang被用作編譯器，使用'fopenmp'，它看起來不被鐺支持。任何人都可以看到解決這個問題的方法，可能迫使使用不同的編譯器。（注：我對編譯器幾乎一無所知）

在此先感謝。

來源

2017-04-24 Jeff Coughlin

這是因爲RAN 3.4.0由支持OpenMP的llvm-4.0.0編譯的，但Apple的fork（默認安裝在macOS上）而不是支持OpenMP。有三種解決方案

使用由CRAN提供的軟件包二進制文件，例如， install.packages(type = "binary")。
安裝支持OpenMP的編譯器，例如gcc或clang，但是您還必須修改個人makevars文件中的變量（~/.R/Makevars）。在~/.R/Makevars

對於2

取消設置SHLIB_OPENMP_CFLAGS和SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS你可以用brew install clang或brew install gcc --without-multilib安裝編譯器，那麼你必須將編譯器的路徑添加到您的~/.R/Makevars文件。

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang 
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++ 
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler) 
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++

或gcc使用（雙重檢查GCC可執行程序中存在，並且正確命名）

CC=/usr/local/bin/gcc-7 
CXX=/usr/local/bin/gcc-7 
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler) 
CXX11=/usr/local/bin/gcc-7

或者你可以安裝一個CRAN Provided LLVM 4.0並相應地設置Makevars文件。

對於3.您只需取消設置SHLIB_OPENMP_CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CFLAGS= 
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=

欲瞭解更多詳情，請參閱在寫作R附加OpenMP support。

請注意，此錯誤與Java或rJava軟件包無關，因此理想情況下可將該問題重命名爲clang: error: unsupported option '-fopenmp'。

來源

2017-05-12 17:43:12 Jim

任何線索，我的個人makevars文件是？ '$ cd〜/ .R/Makevars -bash：cd：/Users/me/.R/Makevars：沒有這樣的文件或目錄' – BLT

默認情況下沒有一個，你需要創建'〜/ .R /'目錄和'Makevars'文件（如果不存在）。 – Jim

'從命令行獲得'R --quiet -e'install.packages（「rJava」，type =「binary」，repos =「http://cran.us.r-project.org」）'我。 –

在終端中運行下面的程序也會修復RStudio中的軟件包下載，您可以運行Rjava或r-app而不會出現任何問題。

brew cask install r-app 
    brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib 
    sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local 
    brew link --overwrite --force gcc49 
    brew unlink gcc49 && brew link gcc49 
    brew install llvm 
    mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars

來源

2017-08-29 06:21:17 venna

備用編譯器安裝的R程序包：錯誤安裝rJava

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