平均距離與igraph中的平均距離

我正在嘗試計算我的網絡的平均路徑長度，並且遇到以下問題。我過去使用igraph包中的average.path.length。這一次，我決定採取不同的路線：我想使用distances功能（也從包igraph），然後找到所有距離的平均值。我的理解是distances函數只是計算圖形頂點之間的成對最短路徑，因此應該返回平均路徑長度。但是，當我嘗試使用這種方法時，我注意到我得到了average.path.length和mean_distance的直接應用程序給出的不同值。起初，我認爲問題是由一些孤立節點引起的，但是當我在完全連接的玩具圖上檢查它時，我遇到了同樣的問題。平均距離與igraph中的平均距離

這裏是一個重複的例子：

toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6) 
    mean_distance(toy.graph) 
    [1] 1.866667 
    average.path.length(toy.graph) 
    [1] 1.866667 
    mean(distances(toy.graph)) 
    [1] 1.555556

我明白，不同的算法用於mean_distance和distances而應該區別是在這樣一個小而簡單的模型如此之大？我錯過了什麼？

來源

2017-02-20 Justyna

我覺得你得到了不同的答案，因爲你是平均的整個距離矩陣而不是下|上三角的distance(toy.graph)這包括0的上降低的距離

library(igraph) 
toy.graph <- graph.formula(1-2,1-3,1-5,2-5,3-5,3-6,4-6) 
plot(toy.graph) 
mean_distance(toy.graph) 
#[1] 1.866667 

average.path.length(toy.graph) 
#[1] 1.866667 

mean(distances(toy.graph)) 
#[1] 1.555556 

mean(distances(toy.graph)[lower.tri(distances(toy.graph))]) 
#[1] 1.866667

來源

2017-02-20 19:30:11 emilliman5

謝謝您對角。這就說得通了。我可以看到對角線會降低平均值。我的網絡定向時，是否應該同時使用較低和較高的三角形？在這種情況下，矩陣不會是對稱的（儘管它在對角線上仍然有0）。 – Justyna

如果你想使用這種方法來處理有向圖，那麼你需要計算圖的「in」和「out」距離，在平均之前刪除「Inf」和對角線。這對於一個簡單的有向圖很有用，但不確定這是多麼普遍 – emilliman5

平均距離與igraph中的平均距離

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