XLRD/Entrez：搜索Pubmed並提取計數

我正在開發一個項目，該項目需要我使用Excel電子表格的輸入和結果的打印計數來搜索pubmed。我一直在使用xlrd和entrez來完成這項工作。這是我嘗試過的。XLRD/Entrez：搜索Pubmed並提取計數

我需要使用的作者，他/她的醫療學校，一系列的歲月，和他/她的導師的名字，這些都是在Excel電子表格的名稱通過pubmed進行搜索。我已經使用xlrd將所需信息的每個列轉換爲字符串列表。

from xlrd import open_workbook 
book = xlrd.open_workbook("HEENT.xlsx").sheet_by_index(0) 
med_name = [] 
for row in sheet.col(2): 
    med_name.append(row) 
med_school = [] 
for row in sheet.col(3): 
    med_school.append(row) 
mentor = [] 
for row in sheet.col(9): 
    mentor.append(row)

我設法使用Entrez打印我的特定查詢的計數。

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "[email protected]" 
handle = Entrez.egquery(term="Jennifer Runch AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) ") 
handle_1 = Entrez.egquery(term = "Jennifer Runch AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) AND Leoard P. Byk") 
handle_2 = Entrez.egquery(term = "Jennifer Runch AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) AND Southern Illinois University School of Medicine") 
record = Entrez.read(handle) 
record_1 = Entrez.read(handle_1) 
record_2 = Entrez.read(handle_2) 
pubmed_count = [] 
for row in record["eGQueryResult"]: 
    if row["DbName"] == "pubmed": 
     pubmed_count.append(row["Count"]) 

for row in record_1["eGQueryResult"]: 
    if row["DbName"] == "pubmed": 
     pubmed_count.append(row["Count"]) 

for row in record_2["eGQueryResult"]: 
    if row["DbName"] == "pubmed": 
     pubmed_count.append(row["Count"]) 
print(pubmed_count) 
>>>['3', '0', '0']

的問題是，我需要在學生姓名列表（「med_name」）的下一個學生的名字來代替學生的名字（「詹妮弗藍籌」），該醫學院與下一個學校，當前指導者的名字與列表中下一個指導者的名字。

我想說出我的電子郵件pubmed後，我應該寫一個for循環，但我不知道如何代碼的兩個塊連接在一起。有誰知道連接兩個代碼塊的有效方法，或者知道如何以比我嘗試的更有效的方式來做到這一點？謝謝！

來源

2016-10-10 Molly Zhao

問題仍然存在？ –

@MaximilianPeters我有一些後續問題關於這一個，我發佈到另一個線程：http://stackoverflow.com/questions/40161460/searching-on-pubmed-using-biopython –

你得到了大部分的代碼。它只是需要稍微修改。

假設你的表是這樣的：

Jennifer Bunch |Southern Illinois University School of Medicine|Leonard P. Rybak 
Philipp Robinson|Stanford University School of Medicine   |Roger Kornberg

，你可以使用下面的代碼

import xlrd 
from Bio import Entrez 
sheet = xlrd.open_workbook("HEENT.xlsx").sheet_by_index(0) 

med_name = list() 
med_school = list() 
mentor = list() 
search_terms = list() 
for row in range(0, sheet.nrows): 
    search_terms.append([sheet.cell_value(row, 0), sheet.cell_value(row,1), sheet.cell_value(row, 2)]) 

pubmed_counts = list() 

for search_term in search_terms: 
    handle = Entrez.egquery(term="{0} AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) ".format(search_term[0])) 
    handle_1 = Entrez.egquery(term = "{0} AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) AND {1}".format(search_term[0], search_term[2])) 
    handle_2 = Entrez.egquery(term = "{0} AND ((2012[Date - Publication] : 2017[Date - Publication])) AND {1}".format(search_term[0], search_term[1])) 
    record = Entrez.read(handle) 
    record_1 = Entrez.read(handle_1) 
    record_2 = Entrez.read(handle_2) 

    pubmed_count = ['', '', ''] 

    for row in record["eGQueryResult"]: 
     if row["DbName"] == "pubmed": 
      pubmed_count[0] = row["Count"] 
    for row in record_1["eGQueryResult"]: 
     if row["DbName"] == "pubmed": 
      pubmed_count[1] = row["Count"] 
    for row in record_2["eGQueryResult"]: 
     if row["DbName"] == "pubmed": 
      pubmed_count[2] = row["Count"] 

    print(pubmed_count) 
    pubmed_counts.append(pubmed_count)

輸出

['3', '0', '0'] 
['1', '0', '0']

所需的修改是爲了查詢使用變量。

其他一些修改這是沒有必要的，但可能會有所幫助：

環比Excel紙只有一次
店pubmed_count在一個預定義的列表，因爲如果值回來空，的大小輸出會有所不同，這使得很難猜測哪個值屬於哪個查詢
所有事情都可能被進一步優化和優化，例如將查詢存儲在一個列表中並循環遍歷它們，這會減少代碼的重複次數，但現在它完成了這項工作。

來源

2016-10-11 07:39:08

XLRD/Entrez：搜索Pubmed並提取計數

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