TCGAbiolinks：GDCprepare功能問題

我打算使用TCGAbiolinks準備表達矩陣。我嘗試在下載基因表達定量數據後運行PAADRnaseqSE功能 - GDCprepare（query_RNA_Seq）功能，但每次運行功能，它會產生如下錯誤信息：TCGAbiolinks：GDCprepare功能問題

> PAADRnaseqSE <- GDCprepare(query_RNA_Seq) 
    |=================================================================================================================================| 100% 
Downloading genome information (try:0) Using: Homo sapiens genes (GRCh37.p13) 
Starting to add information to samples 
=> Add clinical information to samples 
Error: lexical error: invalid char in json text. 
             <?xml version="1.0" ?> <respons 
        (right here) ------^

我能做些什麼來解決問題？

來源

2017-06-04 MOCKINGJAY

嘗試更新包：

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

如果不工作，也用不同的代碼（採用這種封裝形式https://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommons）另一個分支。你可以嘗試安裝它，看看錯誤是否持續？

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks",ref = "GenomicDataCommons")

來源

2017-06-04 04:38:36 MOCKINGJAY

我遇到過類似的問題，我解決不了;

devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks", dependencies = T)

既不是從RStudio也不是R終端。但是，當我以超級用戶身份進行操作時，

sudo R devtools::install_github(repo = "BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks", dependencies = T)

問題解決了。

來源

2017-07-19 17:59:41

這不是一個解決方案，而是進一步澄清問題。請把這是一個評論，而不是。 –

TCGAbiolinks：GDCprepare功能問題

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