使S4對象充當S3類嗎？

Question

我想寫一個S4對象，以便它可以傳遞給只有一個S3對象的方法。 （看起來像setOldClass()可能與此有關，但從documentation我不清楚？）

例如，一個小例子，想象我有S3類和函數：

myS3 <- list(a = 1, b = 2) 
class(myS3) <- "myS3class" 
myS3function.myS3class <- function(x) x$a + x$b 

和我有S4對象

setClass("myS4class", representation(a = "numeric", b = "numeric")) 
obj <- new("myS4class", a = 1, b = 2) 

有什麼我可以做這樣

myS3function.myS3class(obj) 

給我同樣的事情，

myS3function.myS3class(myS3) 

由只修改S4類？

編輯我這種方法的基本原理是利用S3類的所有現有方法（通常可能來自其他包等），而不必重寫它們。我意識到一種方法是簡單地寫一個強制方法（setAs()），它可以將我的S4對象變成S3對象，但是用戶總是需要手動執行這個步驟。 （雖然它有效，但我還不清楚是否使用setAs()將S4課程升級到S3課程，而不是S4課程之間的映射課程）。

從我閱讀setOldClass的文檔的方式來看，這聽起來像這樣可以使S3對象像S4對象一樣工作？那是對的嗎？如果是這樣，我的問題是，如果有可能做到相反（也許通過設置S4班的prototype？）。

如果這是不可能的，那麼解釋爲什麼這將是一個壞主意？

Answer 1

向您的S4課程添加一個方法，將其轉換爲S3課程。

setGeneric(
    "as.myS3class", 
    function(object) 
    { 
    standardGeneric("as.myS3class") 
    } 
) 

setMethod(
    "as.myS3class", 
    signature(object = "myS4class"), 
    function(object) 
    { 
    structure(list(a = object@a, b = object@b), class = "myS3class") 
    } 
) 

然後你就可以調用S3方法是這樣的：

myS3function(as.myS3class(obj)) 

Answer 2

如果你想重用都 S3和S4類的一個功能，而不是改變它，你可以寫你自己的定義$：

f <- function(x, name) 
slot(x, name) 

setMethod("$", signature=c(x="myS4class"), definition=f) 

myS3function.myS4class(obj) 
# [1] 3 

這似乎是相當可疑的我，雖然。對於初學者來說，你可能還需要一個類似的方法[[，因爲函數可以引用列表元素兩種方式：

setMethod("[[", signature=c(x="myS4class", i="character"), 
       definition=function(x, i) slot(x, i)) 

而你所需要的分配方法，以及：

setMethod("$<-", signature=c(x="myS4class", value="numeric"), 
       definition=function(x, name, value) `slot<-`(x, name, check=TRUE, value)) 

setMethod("[[<-", signature=c(x="myS4class", i="character", value="numeric"), 
        definition=function(x, i, value) `slot<-`(x, i, check=TRUE, value)) 

但你必須通過數量的參考的問題：

obj[[1]] 
# Error in obj[[1]] : this S4 class is not subsettable 

所以你需要另一種方法：

g <- function(x, i) 
{ 
    slots <- names(getClass("myS4class")@slots) 
    slot(x, slots[i]) 
} 

setMethod("[[", signature=c(x="myS4class", i="numeric"), g) 

全部起來，它似乎很多工作沒有太大的收穫。

Answer 3

一個成功的解決方案確實埋setOldClass文檔中：

## Examples of S3 classes with guaranteed attributes 
## an S3 class "stamped" with a vector and a "date" attribute 
## Here is a generator function and an S3 print method. 
## NOTE: it's essential that the generator checks the attribute classes 
stamped <- function(x, date = Sys.time()) { 
    if(!inherits(date, "POSIXt")) 
     stop("bad date argument") 
    if(!is.vector(x)) 
     stop("x must be a vector") 
    attr(x, "date") <- date 
    class(x) <- "stamped" 
    x 
} 

print.stamped <- function(x, ...) { 
    print(as.vector(x)) 
    cat("Date: ", format(attr(x,"date")), "\n") 
} 

## Now, an S4 class with the same structure: 
setClass("stamped4", contains = "vector", representation(date = "POSIXt")) 

## We can use the S4 class to register "stamped", with its attributes: 
setOldClass("stamped", S4Class = "stamped4") 
selectMethod("show", "stamped") 
## and then remove "stamped4" to clean up 
removeClass("stamped4") 

someLetters <- stamped(sample(letters, 10), 
         ISOdatetime(2008, 10, 15, 12, 0, 0)) 

st <- new("stamped", someLetters) 
st 
# show() method prints the object's class, then calls the S3 print method. 

stopifnot(identical(S3Part(st, TRUE), someLetters)) 

# creating the S4 object directly from its data part and slots 
new("stamped", 1:10, date = ISOdatetime(1976, 5, 5, 15, 10, 0)) 

注意，S4對象可以使用S3打印方法。讓我感到驚訝的是，這對於爲S3類定義的其他方法，但不適用於S4類而不需要額外調用selectMethod。我用一個更詳細的例子來說明這一點，我的用例是ape::phylo對象在這裏：http://carlboettiger.info/2013/10/07/nexml-phylo-class-extension.html