我在找到關於基因本體術語水平和類型的正確定義時遇到了問題。基因本體論術語水平與基因本體術語術語類型
我知道GO術語的類型與isA圖相關，而不考慮partOf關係。但我還是當我遇到下面的情況感到困惑：當發現水平
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如果我有GO：123（假設它是根）指向GO：345和術語GO：567在兩個環節中都有isA關係。 另外，GO：345指向GO：567這個詞與partOf關係。
現在，GO：567的等級是多少？它是2，因爲根指向它？還是3，因爲根的兒子指着它？我應該如何處理這些圖表的級別和類型？
您可能會收到更多有幫助的答案，將此問題提交到Biostar。或者可能是GO website和GO mailing lists。
您提出的問題直接來自GO的語義。它是一個有向無環圖（DAG），因此節點沒有深度或級別的單一定義。如果您需要一個一致的定義，您可以選擇使用min（深度）或max（深度），但對於您的應用程序來說，這可能不是一個好的選擇，這是您沒有描述的。同樣，圖的邊緣具有描述不同生物關係（「是一個」，「一部分」和「調節」）的不同屬性。
如何最好地處理這些屬性取決於您想要完成什麼或您想要對數據進行哪些查詢。由於GO術語與基因的註釋密度在生物體和術語之間差異很大，因此考慮在特定上下文中衡量註釋的信息性而不是圖中「深度」的度量標準可能會更好。