使用'require'包代碼在R

中實時獲取數據包我正在編寫一個使用各種bioconductor註釋數據包的R包。具體的數據包隨使用情況而變化。因此，我有一個函數，確實是這樣的：使用'require'包代碼在R

if (!require(biocpack_name, character.only=T)) { 
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
    BiocInstaller::biocLite(biocpack_name) 
    require(biocpack_name , character.only=T) 
}

biocpack_name可以是幾個正在擡頭基於正在分析的特定數據〜30 +註釋數據包。因此，我不想每個添加'建議'（我甚至不知道這是否會工作，因爲錯誤不是爲一個包，而是一個指定包的字符串）。 R CMD CHK給我這個錯誤：

'library' or 'require' call not declared from: ‘biocpack_name’ 
'library' or 'require' call to ‘biocpack_name’ in package code.

我該如何解決這個問題？

來源

2016-04-21 alexvpickering

這不是一個錯誤，而是一個警告。它會消失，如果你使用character.only = TRUE而不是T（我猜是因爲TRUE的值是已知的，不能重新分配，但T是未知的，可以是任何東西，包括FALSE）。但另外請遵循警告中的建議使用requireNamespace()（並且不污染用戶搜索路徑）;也許db = get(biocpack_name, getNamespace(biocpack_name))將允許您按照自己喜歡的方式使用註釋包，例如mapIds(db, ...)。

如果有人迂腐，將這些軟件包添加到DESCRIPTION文件的Enhances：字段將告知您的軟件包以某種方式與註釋軟件包一起工作，但不會導致軟件包的安裝（例如，用於構建小插曲）除非明確要求。

來源

2016-04-21 22:45:22

將T更改爲TRUE已解決的問題。不確定的方法建議可以工作，因爲包在一個函數中被加載，然後被另一個函數使用。 'db'不會是創建它的函數的本地部分嗎？ – alexvpickering

是的，你不得不想一想你的功能是如何設計的;也許上面的代碼被稱爲'get_db（）'，每次需要時都返回db符號？ –

我嘗試按建議操作，但遇到了錯誤。例如，如果'biocpack_name < - 「hgu95av2.db」'和返回的對象稱爲'db'。以下工作可以得到一些示例鍵：'鍵< - AnnotationDbi :: keys（db）[1：5]'。但是，'AnnotationDbi :: mapIds（db，keys，「SYMBOL」，keytype =「PROBEID」）''和'AnnotationDbi :: select（db，keys，「SYMBOL」）'失敗，並且'object'hgu95av2ORGPKG'not found' – alexvpickering

使用'require'包代碼在R

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