爲什麼我不能啓動pymol？

我試圖運行生物技術軟件pymol。它找不到cmd.py模塊。但是，它位於$ PYTHONPATH中的目錄中。爲什麼我不能啓動pymol？

[mzhKU_work] @ modules $ python launch_pymol.py 
Traceback (most recent call last): 
    File "launch_pymol.py", line 32, in <module> 
    import pymol 
    File "/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol/__init__.py", line 521, in <module> 
    import pymol._cmd 
ImportError: No module named _cmd 

[mzhKU_work] @ modules $ ls ./pymol/ 
__init__.py   exporting.py   opengl 
__init__.pyc   externing.py   parser.py 
api.py    feedingback.py  parsing.py 
callback.py   fitting.py   plugins 
cgo.py    gui.py    povray.py 
checking.py   gui.pyc    preset.py 
cmd.py    headering.py   querying.py 
cmd.pyc    helping.py   rpc.py 
colorramping.py  importing.py   selecting.py 
commanding.py  internal.py   selector.py 
completing.py  invocation.py  setting.py 
computing.py   invocation.pyc  shortcut.py 
constants.py   keyboard.py   util.py 
constants_palette.py keywords.py   vfont.py 
contrib    locking.py   viewing.py 
controlling.py  m4x.py    wizard 
creating.py   menu.py    wizarding.py 
editing.py   monitoring.py  xray.py 
editor.py   morphing.py   xwin.py 
embed    movie.py    xwin.pyc 
experimenting.py  moving.py 

[mzhKU_work] @ modules $ echo $PYTHONPATH 
[...]/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules:/Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol:/Users/[...] 
[mzhKU_work] @ modules $

可能是什麼問題？

來源

2016-05-07 TMOTTM

你可以打開'/ Users/mzhKU_work/software/pymol/modules/pymol /'目錄並檢查_cmd.so'（或者你的系統上的任何本地庫的擴展名，我猜是.so Mac OS X）在目錄中？ PyMol通常附帶'cmd.py'和'_cmd.so'，所以重命名這兩個文件都不是一個好的解決方案。 –

哦等一下，這個問題似乎是缺少'_cmd.so'。你從哪裏安裝PyMol？你是否使用Homebrew/MacPorts，學生版或其他安裝程序？ –

它試圖導入的模塊是_cmd而不是cmd。

您的問題看起來像庫中的錯誤，您可以嘗試將其報告給開發人員。

作爲臨時解決方案，您可以將cmd.py複製到_cmd.py。

來源

2016-05-07 22:49:15

庫中通常沒有錯誤。除了在包管理器中使用OpenSource版本（例如Homebrew，aptitude，Yum等）以外，Pymol通常使用自己的可執行文件運行，使用系統Python不是（總是）正確的方法。此外，'_cmd'應該被編譯爲本地二進制文件，cmd.py應該作爲Python可執行文件提供。我認爲這更像是本地庫的問題（這就是爲什麼沒有找到）。 –

爲什麼我不能啓動pymol？

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