爲什麼python生成的pymol（pml）腳本在PyMoL中不能正確運行？

Question

我已經寫了一個python腳本，它接受一個上游結果並將其輸出爲一個pml腳本（一系列PyMoL命令）。當我在pymol中運行文件時，一些命令運行，但命令行返回'無效選擇'選擇器錯誤。

例如，該腳本返回文本行如：

fetch 3MPF 
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
remove 3MPF 
align 3MPFB63, ref 

當腳本在PYMOL運行它說：

PyMOL>fetch 3MPF 
please wait ... 
PyMOL>create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF". 
(3MPF and c. B and i. 63-68)<-- 
PyMOL>remove 3MPF 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF". 
(3MPF)<-- 
PyMOL>align 3MPFB63, ref 
Selector-Error: Invalid selection name "3MPFB63". 
3MPFB63<-- 

但是，如果從錯誤的命令單獨運行，也就是複製和粘貼代碼段create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68該命令運行良好，並進行選擇並創建對象。

任何幫助將不勝感激。

Answer 1

看起來好像這個問題的答案是在fetch調用中包含async = 0，迫使命令行在執行第二個命令之前等待該命令的返回，即它試圖在選擇對象之前他們存在。

例如，

fetch 3MPF, async=0 
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68 
delete 3MPF 
align 3MPFB63, ref 

這就是現在按預期工作。如果在完成PML自動運行時還有其他事情會中斷，則會回發。

經典，「只要你求助於你就明白了」的情況。