Networkx邊緣不能正確添加屬性

我已經拉起了一些代碼，我在網絡x的1.6.1中玩過。在1.8.1上寫入gml或graphml時不起作用。當我使用Networkx邊緣不能正確添加屬性

AttributeError: 'str' object has no attribute 'items'

：

的問題歸結爲暫時無法寫入數據字典內邊緣屬性，像這樣：

BasicGraph = nx.read_graphml("KeggCompleteEng.graphml") 

for e,v in BasicGraph.edges_iter(): 
    BasicGraph[e][v]['test'] = 'test' 

nx.write_graphml(BasicGraph, "edgeTester.graphml")

導致錯誤for e,v,data in BasicGraph.edges_iter(data=True):數據打印出像所以：

{'root_index': -3233, 'label': u'unspecified'} 
test

也是新屬性在字典之外。

該文件說我應該能夠像上面那樣做。但是，我想我犯了一個愚蠢的錯誤，並希望被放回正確的道路上！

編輯：

於是我運行該程序與程序中生成的圖表：BasicGraph = nx.complete_graph(100)，它運行得很好。

然後我用一個來自底圖的示例graphml文件運行它：BasicGraph = nx.read_graphml("graphmltest.graphml")，這也工作。（我甚至導入和導出Cytoscape來檢查這不是問題）

所以顯然這是我使用的文件。 Here's一個鏈接，任何人都可以看到它有什麼問題嗎？

來源

2013-10-16 Darkstarone

您可以修改代碼以不需要加載該文件？ – tacaswell

用'nx.complete_graph（）'和另一個graphml文件試了一下，它們都工作正常。查看更新！ – Darkstarone

的問題是您的圖形是具有平行的邊緣，從而NetworkX加載它作爲一個多重圖對象：

In [1]: import networkx as nx 

In [2]: G = nx.read_graphml('KeggCompleteEng.graphml') 

In [3]: type(G) 
Out[3]: networkx.classes.multigraph.MultiGraph 

In [4]: G.number_of_edges() 
Out[4]: 7123 

In [5]: H = nx.Graph(G) # convert to graph, remove parallel edges 

In [6]: H.number_of_edges() 
Out[6]: 6160

因爲該圖形對象存儲的一個邊緣的內部結構是G [節點]的[node] [key] [attribute] = value（注意多圖的額外關鍵字典級別）。

您明確

for e,v in BasicGraph.edges_iter(): 
    BasicGraph[e][v]['test'] = 'test'

打破它修改結構。

它允許修改數據結構的方式，但它是安全使用NetworkX API

In [7]: G = nx.MultiGraph() 

In [8]: G.add_edge(1,2,key='one') 

In [9]: G.add_edge(1,2,key='two') 

In [10]: G.edges(keys=True) 
Out[10]: [(1, 2, 'two'), (1, 2, 'one')] 

In [11]: G.add_edge(1,2,key='one',color='red') 

In [12]: G.add_edge(1,2,key='two',color='blue') 

In [13]: G.edges(keys=True,data=True) 
Out[13]: [(1, 2, 'two', {'color': 'blue'}), (1, 2, 'one', {'color': 'red'})]

來源

2013-10-16 23:09:21 Aric

Networkx邊緣不能正確添加屬性

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