從DataFrame加載屬性和邊緣到NetworkX的節點

Question

我是使用Python處理圖形的新手段：NetworkX。直到現在我已經使用了Gephi。有標準步驟（但不是唯一可能的）是：

1. 從表格/電子表格加載節點信息;其中一列應該是ID，其餘的是關於節點的元數據（節點是人，所以性別，羣體......通常用於着色）。像：

   id;NormalizedName;Gender 
   per1;Jesús;male 
   per2;Abraham;male 
   per3;Isaac;male 
   per4;Jacob;male 
   per5;Judá;male 
   per6;Tamar;female 
   ... 
   

2. 然後從一個表/電子表格還加載的邊緣上，使用相同的名稱用於節點，因爲它是在節點的電子表格的列ID與通常的四列（目標，源，體重，類型）：

   Target;Source;Weight;Type 
   per1;per2;3;Undirected 
   per3;per4;2;Undirected 
   ... 
   

這是兩個dataframes，我已經和我想在Python加載。閱讀有關NetworkX，似乎是不太可能的兩個表（一個節點，一個是邊緣）裝載到同一張圖，我不知道什麼是最好的辦法：

1. 我應該創建只有來自DataFrame的節點信息的圖形，然後添加（附加）來自其他DataFrame的邊緣？如果是這樣，因爲nx.from_pandas_dataframe（）期望有關邊緣的信息，我想我不應該使用它來創建節點...我應該只是將信息作爲列表傳遞？

2. 我是否應該僅使用DataFrame中的邊緣信息創建圖形，然後將其他DataFrame中的信息添加到每個節點作爲屬性？有沒有比迭代DataFrame和節點更好的方法呢？

Answer 1

使用nx.from_pandas_dataframe創建從邊緣表中的加權圖：

import networkx as nx 
import pandas as pd 

edges = pd.DataFrame({'source' : [0, 1], 
         'target' : [1, 2], 
         'weight' : [100, 50]}) 

nodes = pd.DataFrame({'node' : [0, 1, 2], 
         'name' : ['Foo', 'Bar', 'Baz'], 
         'gender' : ['M', 'F', 'M']}) 

G = nx.from_pandas_dataframe(edges, 'source', 'target', 'weight') 

使用set_node_attributes然後添加節點從字典屬性：

nx.set_node_attributes(G, 'name', pd.Series(nodes.name, index=nodes.node).to_dict()) 
nx.set_node_attributes(G, 'gender', pd.Series(nodes.gender, index=nodes.node).to_dict()) 

或者遍歷圖形以添加節點屬性：

for i in sorted(G.nodes()): 
    G.node[i]['name'] = nodes.name[i] 
    G.node[i]['gender'] = nodes.gender[i]