Opencpu調用需要比預期更長的時間

Question

我試圖從flexsurv包使用opencpu調用一個函數。我在OSX Sierra上運行。

我已經修改了我的opencpu .conf文件包含在預加載的軟件包列表flexsurv：

{ 
"enable.api.library": true, 
"enable.api.apps": true, 
"enable.api.bioc": true, 
"enable.api.cran": true, 
"enable.api.gist": true, 
"enable.api.github": true, 
"enable.api.user": true, 
"enable.api.tmp": true, 
"enable.cors" : true, 
"enable.post.code": true, 
"error.showcall": true, 
"gist.cache": 300, 
"github.cache": 86400, 
"cran.cache": 86400, 
"public.url" : "https://public.opencpu.org/ocpu", 
"smtp.server" : "localhost", 
"httpcache.post": 300, 
"httpcache.lib": 86400, 
"httpcache.git": 900, 
"httpcache.gitapi": 120, 
"httpcache.tmp": 86400, 
"httpcache.cran": 86400, 
"httpcache.static": 31536000, 
"httpcache.bioc": 31536000, 
"key.length" : 9, 
"appspaths": "/usr/local/lib/opencpu/apps-library", 
"repos": "http://cran.rstudio.com", 
"rlimit.as": 2e9, 
"rlimit.fsize": 1e8, 
"rlimit.nproc": 50, 
"timelimit.get": 600, 
"timelimit.post": 90, 
"timelimit.webhook": 900, 
"preload": ["ggplot2", "lattice","survival","flexsurv"] 

}

我然後開始開放的CPU，並在捲曲以下電話：

curl localhost:7210/ocpu/library/flexsurv/R/pgompertz/json -d "q=[0,1,2,3]&shape=0.001&rate=0.001" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

這個調用大概需要1.4秒，儘管它是一個非常簡單和快速的函數調用，應該不會花費任何時間。

相比之下，呼籲RNORM繪製萬個隨機樣本的正常回報，在不到半秒：

curl localhost:7210/ocpu/library/stats/R/rnorm/json -d "n=100000" -w "%{time_total}\n" -o /dev/null 

爲什麼會比較簡單flexsurv電話用不了這麼多更多的時間？預加載不工作？如果是這樣，我該如何解決這個問題？如果不是，導致額外延遲的是什麼？

任何幫助深表感謝......

Answer 1

問題通過使用opencpu這是雲版本解決了從預壓看到更大的利益。

步驟：

1. 從https://docs.docker.com/engine/installation/mac/

2. 爲Mac安裝搬運工安裝opencpu搬運工容器docker pull opencpu/base

3. 運行搬運工瓦特/終端會話docker run -t -i -p 80:80 -p 8004:8004 opencpu/base sh -c 'service opencpu restart && /bin/bash'
4. 從搬運工容器呼叫R，安裝必要時包裝
5. 使用apt-get將選擇的文本編輯器安裝到Docker容器（例如sudo apt-get nano）
6. 使用文本編輯器編輯/etc/opencpu/server.conf並添加必要的包以預加載。
7. 退出終端，並按照指示在這裏承諾以全新的形象
8. 重啓碼頭工人，並推出docker run -t -p 80:80 -p 8004:8004 <your image name>
9. Opencpu現在啓動和運行，並呼籲預裝的程序包將返回快得多。

感謝答案屬於opencpu開發的Jeroen奧姆斯誰幫助我在谷歌組：https://groups.google.com/forum/#!topic/opencpu/D49Adx6GSiE