ggjoy facet with ggtree

Question

是否可以將joyplot作爲面板添加到包含ggtree的圖中，如these examples所示？喜悅圖的例子是here。

我意識到我可以手動將joyplot的物種標籤按照樹尖標籤的順序放置，但我正在尋找自動解決方案。我想自動將joyplot行與樹的提示相關聯，類似於boxplot數據如何與提示標籤相關聯。

我認爲Guangchuang瑜在上面的鏈接示例提供合適的數據：

require(ggtree) 
require(ggstance) 

# generate tree 
tr <- rtree(30) 

# create simple ggtree object with tip labels 
p <- ggtree(tr) + geom_tiplab(offset = 0.02) 

# Generate categorical data for each "species" 
d1 <- data.frame(id=tr$tip.label, location=sample(c("GZ", "HK", "CZ"), 30, replace=TRUE)) 

#Plot the categorical data as colored points on the tree tips 
p1 <- p %<+% d1 + geom_tippoint(aes(color=location)) 

# Generate distribution of points for each species 
d4 = data.frame(id=rep(tr$tip.label, each=20), 
      val=as.vector(sapply(1:30, function(i) 
          rnorm(20, mean=i))) 
      )    

# Create panel with boxplot of the d4 data 
p4 <- facet_plot(p1, panel="Boxplot", data=d4, geom_boxploth, 
     mapping = aes(x=val, group=label, color=location))   
plot(p4) 

這將產生下面的情節：

是否有可能到位箱線圖的創建joyplot？

這裏是演示數據集D4的上方快速joyplot代碼：

require(ggjoy) 

ggplot(d4, aes(x = val, y = id)) + 
geom_joy(scale = 2, rel_min_height=0.03) + 
scale_y_discrete(expand = c(0.01, 0)) + theme_joy() 

結果是：

我是新來GGPLOT2，ggtree和ggjoy所以我完全是在如何甚至開始這樣做的損失。

Answer 1

注意：截至2017年9月14日，ggjoy package has been deprecated。相反，請使用ggridges package。對於下面的代碼與ggridges一起使用，請使用geom_density_ridges而不是geom_joy。

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看起來你可以geom_joy在facet_plot只需更換geom_boxplot：

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey50", lwd=0.3) 

如果你是新的作者，以GGPLOT2，the visualization chapter of Data Science with R（一個開源的書ggplot2）應該有助於學習基礎知識。

ggjoy和ggtree擴展了ggplot2的功能。當這樣的擴展很好地完成時，「顯而易見的」事情（就通常的ggplot「圖形語法」而言）經常起作用，因爲擴展包是以一種試圖忠實於基本ggplot2方法的方式編寫的。

在這裏，我的第一個想法是用geom_joy代替geom_boxplot，結果證明完成了這項工作。每個geom只是將數據可視化的一種不同方式，在這種情況下，框圖對比密度圖。但是情節的所有其他「結構」都保持不變，所以你可以改變幾何，並得到一個遵循相同的軸順序，顏色映射等的新的情節。一旦你獲得了一些經驗，這將更有意義。 ggplot2圖形文法。

下面是左手情節略有不同的標記方法：

p1 = ggtree(tr) %<+% d1 + 
    geom_tippoint(aes(color=location), size=6) + 
    geom_tiplab(offset=-0.01, hjust=0.5, colour="white", size=3.2, fontface="bold") 

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey40", lwd=0.3) 

UPDATE：這是在響應您的意見，詢問如何獲得相同的自定義顏色都刻面板。這裏的代碼，這樣做與你的問題示例數據：

p1 = ggtree(tr) %<+% d1 + 
    geom_tippoint(aes(color=location), size=5) + 
    geom_tiplab(offset=-0.01, hjust=0.5, colour="white", size=3, fontface="bold") + 
    scale_colour_manual(values = c("grey", "red3", "blue")) + 
    scale_fill_manual(values = c("grey", "red3", "blue")) 

facet_plot(p1, panel="Joy Plot", data=d4, geom_joy, 
      mapping = aes(x=val, group=label, fill=location), colour="grey40", lwd=0.3)