帶有示例biopython代碼查詢pubmed的HTTPError

我想通過python查詢pubmed。我找到了一個不錯的生物學相關的庫來做到這一點： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html 帶有示例biopython代碼查詢pubmed的HTTPError

我發現一些示例代碼在這裏： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc116

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "[email protected]"  
handle = Entrez.egquery(term="orchid") 
record = Entrez.read(handle) 
for row in record["eGQueryResult"]: 
    if row["DbName"]=="pubmed": 
    print row["Count"]

當我改變了電子郵件，運行這段代碼，我得到了以下錯誤：

Traceback (most recent call last): 
    File "pubmed.py", line 15, in <module> 
    handle = Entrez.egquery(term=my_query) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 299, in egquery 
    return _open(cgi, variables) 
    File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 442, in _open 
    raise exception 
urllib2.HTTPError: HTTP Error 404: Not Found

~~導致問題的原因並不多。我不知道它試圖訪問哪個網址。~~ 當我搜索「pubmed entrez urllib2.HTTPError：HTTP錯誤404：未找到」時，我得到8個結果，其中沒有任何關聯（除此線程外）。

來源

2012-12-31 anonymous

你可以找到它試圖訪問哪些網址通過捕捉異常。 'try：handle = Entrez.egquery（term =「orchid」）''Exception as e：pass'，然後'print e.geturl（）'。我得到''http：//eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/egquery.fcgi？term = orchid＆tool = biopython＆email = A.N.Other％40example.com''。 – DSM

謝謝。我正要這樣做。我收到以下網址：http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/egquery.fcgi?term=orchid&tool=biopython&email=MYEMAIL。這是否表明pub客服務器/服務已關閉？ – anonymous

從異常中獲取URL的好技巧:) – peterjc

這個例子適用於我。它看起來像是一個臨時的NCBI問題，雖然「錯誤404」是非常不尋常的，並不是我在Entrez看到的網絡問題的典型情況。一般來說，在任何網絡資源的情況下，都要花上幾個小時或一天時間，然後再擔心有什麼事情會發生。

還有你可能想訂閱的，但如果有一個計劃的服務中斷，最近它未提及的Entrez的公用事業公告郵件列表： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/utilities-announce

來源

2012-12-31 12:52:46 peterjc

現在也適合我。 – anonymous

帶有示例biopython代碼查詢pubmed的HTTPError

回答

相關問題