擊故障排除：不是有效的標識符

Question

初學者在這裏試圖讓管道在bash工作。如果有人能看到爲什麼當我運行以下我得到：

-bash: `$i': not a valid identifier, 

這將是非常有益的。此外，如果有其他錯誤，請讓我知道

for $i in /home/regionstextfile; do tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt; done 

的想法是在regionstextfile每行（包含基因組座標）運行在vcf.bz文件名爲tabix程序，然後與輸出運行vcftools與指定選項，然後將所有輸出放入genomesregions.txt文件中。

Answer 1

那一定是這樣：

for i in `</home/regionstextfile` 
do 
    tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt 
done 

當你使用一個變量（例如賦值給它或導出，或做任何事情，但與變量本身）你寫它的名字沒有$;當你使用你寫的變量的值$。

編輯：

當區域名稱中包含空格，但每個區域是在一個單獨的線，你需要while：

cat /home/regionstextfile | while read i 
do 
    tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz "$i" | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt 
done 

Answer 2

沒有貓同樣的事情：

while read i 
do 
    tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz "$i" | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt 
done < /home/regionstextfile 

備註<file.txt不能工作，除非IFS = ''

OLDIFS="$IFS" 
IFS='' 
for i in `</home/regionstextfile` 
do 
    tabix /sequences/human_variation/snps/genotypes.vcf.gz $i | vcftools --window-pi 10000 >> /home/Testgenomesdata/genomesregions.txt 
done 
IFS="$OLDIFS"