GROMACS：非法指令（核心轉儲）

Question

我有一個錯誤：非法指令（核心轉儲）。我該怎麼辦？

我在使用GROMACS時遇到了這個錯誤，這是我研究的一個軟件包。我不認爲這是一個GROMACS的錯誤，而是C的一個錯誤，因爲GROMACS是從C++編寫的（我知道這是在Google搜索後）。這就是爲什麼我在這裏提出這個問題。我對C一無所知，難道不能解決嗎？

Answer 1

這是my conversation to GROMACS team。總之：

• 安裝fftw3 by ./configure --enable-float，make，make install
• 通過cmake .. -DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local，make和make install
• 安裝GROMACS如果說，GROMACS沒有安裝，然後使用source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC（您可能需要添加此行進入你的~/.bashrc文件，以便它會在你打開一個新的外殼時自動激活）

如果你使用的是舊機器，我想你應該使用舊版本。希望這個幫助:)

Answer 2

你自己編譯GROMACS？最重要的是，你是在編譯它的同一臺機器上執行軟件的嗎？

在計算機（羣集的登錄節點）上編譯GROMACS並嘗試在另一臺計算機（羣集的計算節點）上使用可執行文件並使用劣質指令集時，我遇到了同樣的問題。

如果是這樣，看看this page of the GROMACS manual (this depends on the version you are trying to compile)來確定不同機器的最高公共指令集，並用-DGMX_SIMD的適當值重新編譯gromacs。就我而言，它看起來像：

cmake .. -DGMX_SIMD=SSE4.1

Answer 3

編譯GROMACS你會在運行它的計算機。在運行它的機器上這樣做很容易。