基於另一個值對散點圖進行顏色編碼 - no ggplot

我必須繪製一些plot（x，y）散點圖，但是我希望基於連續變量z的值對點進行顏色編碼。基於另一個值對散點圖進行顏色編碼 - no ggplot

我想要一個溫度調色板（從深藍色到鮮紅色）。我嘗試了Rcolorbrewer，但是RdBu調色板（類似於溫度調色板）使用白色作爲中間值，看起來非常糟糕。

我還想繪製一個圖例，用顏色和相應值的樣本來解釋顏色編碼。

任何想法，如果這可以在R中輕鬆執行？請沒有ggplot！

季節問候大家

來源

2011-12-23 ECII

沒有ggplot ...嗯晶格呢？ – dickoa 2011-12-23 13:03:44

可以試試，但是，我會很感激r-base解決方案。 – ECII 2011-12-23 13:11:36

大廈斷@ BenBolker的答案，你可以，如果你把在爲filled.contour代碼偷看做的傳說。我砍死該功能除了看起來像這樣：

scatter.fill <- function (x, y, z, 
           nlevels = 20, plot.title, plot.axes, 
           key.title, key.axes, asp = NA, xaxs = "i", 
           yaxs = "i", las = 1, 
           axes = TRUE, frame.plot = axes, ...) 
    { 
     mar.orig <- (par.orig <- par(c("mar", "las", "mfrow")))$mar 
     on.exit(par(par.orig)) 
     w <- (3 + mar.orig[2L]) * par("csi") * 2.54 
     layout(matrix(c(2, 1), ncol = 2L), widths = c(1, lcm(w))) 
     par(las = las) 
     mar <- mar.orig 
     mar[4L] <- mar[2L] 
     mar[2L] <- 1 
     par(mar = mar) 

     #Some simplified level/color picking 
     levels <- seq(min(z),max(z),length.out = nlevels) 
    col <- colorRampPalette(c("blue","red"))(nlevels)[rank(z)] 

     plot.new() 
     plot.window(xlim = c(0, 1), ylim = range(levels), xaxs = "i", 
      yaxs = "i") 
    rect(0, levels[-length(levels)], 1, levels[-1L], col = colorRampPalette(c("blue","red"))(nlevels) 
     if (missing(key.axes)) { 
      if (axes) 
       axis(4) 
     } 
     else key.axes 
     box() 
     if (!missing(key.title)) 
      key.title 
     mar <- mar.orig 
     mar[4L] <- 1 
     par(mar = mar) 

     #Simplified scatter plot construction 
     plot(x,y,type = "n") 
     points(x,y,col = col,...) 

     if (missing(plot.axes)) { 
      if (axes) { 
       title(main = "", xlab = "", ylab = "") 
       Axis(x, side = 1) 
       Axis(y, side = 2) 
      } 
     } 
     else plot.axes 
     if (frame.plot) 
      box() 
     if (missing(plot.title)) 
      title(...) 
     else plot.title 
     invisible() 
    }

然後再從本的例子應用的代碼，我們得到這樣的：

x <- runif(40) 
y <- runif(40) 
z <- runif(40) 
scatter.fill(x,y,z,nlevels = 40,pch = 20)

產生這樣一個情節：

enter image description here

公平的警告，我真的只是破解了filled.contour的代碼。您可能需要檢查剩餘的代碼並刪除未使用的位，或修復我無法使用的部分。

來源

2011-12-23 16:27:59 joran

非常感謝。是否可以刪除彩盒的黑色水平線？ – ECII 2011-12-23 21:15:03

@ECII是的。它們用'rect'繪製。查看'rect'的'border'參數。 – joran 2011-12-23 22:07:02

非常感謝。但是，我認爲代碼有問題。例如散點圖.fill（x，y，y）... – ECII 2011-12-23 22:31:51

這裏是一些自制代碼默認包（基地，圖形，grDevices）來實現它：

# Some data 
x <- 1:1000 
y <- rnorm(1000) 
z <- 1:1000 

# colorRamp produces custom palettes, but needs values between 0 and 1 
colorFunction <- colorRamp(c("darkblue", "black", "red")) 
zScaled <- (z - min(z))/(max(z) - min(z)) 

# Apply colorRamp and switch to hexadecimal representation 
zMatrix <- colorFunction(zScaled) 
zColors <- rgb(zMatrix, maxColorValue=255) 

# Let's plot 
plot(x=x, y=y, col=zColors, pch="+")

對於StanLe，這裏是相應的圖例（以 - 我用藍色，而不是深藍色爲出發點，但你可以

# Resolution of the legend 
n <- 10 

# colorRampPalette produces colors in the same way than colorRamp 
plot(x=NA, y=NA, xlim=c(0,n), ylim=0:1, xaxt="n", yaxt="n", xlab="z", ylab="") 
pal <- colorRampPalette(c("darkblue", "black", "red"))(n) 
rect(xleft=0:(n-1), xright=1:n, ybottom=0, ytop=1, col=pal) 

# Custom axis ticks (consider pretty() for an automated generation) 
lab <- c(1, 500, 1000) 
at <- (lab - min(z))/(max(z) - min(z)) * n 
axis(side=1, at=at, labels=lab)

來源

2011-12-23 14:56:41 maressyl

如何爲此添加圖例？ – StanLe 2013-11-20 00:32:59

編輯爲包含圖例。 – maressyl 2013-12-04 11:02:52

這是一個合理的解決方案：通過layout或類似的東西）加入檢查出?rgb等，以調整你喜歡的顏色。

nbrk <- 30 
x <- runif(20) 
y <- runif(20) 
cc <- colorRampPalette(c("blue","red"))(nbrk) 
z <- runif(20) 
plot(x,y,col=cc[cut(z,nbrk)],pch=16)

來源

2011-12-23 15:16:23

基於另一個值對散點圖進行顏色編碼 - no ggplot

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