編輯注: 這個問題最初表述爲SimpleITK.Show()ImageJ中在Linux上生成錯誤
如何在Linux SimpleITK.Show()鏈接到ImageJ的?
通過將SimpleITK 1.0.0升級到1.0.1,我能夠從SimpleITK.Show()啓動ImageJ。但ImageJ無法打開「sample_mri.hdr」。 ImageJ生成以下錯誤消息。
文件是不支持的格式,讀者
插件不可用,或者沒有被發現。
root/local/linux/ImageJ/open(「/ temp/TempFile-7131-2.nii」);
root/local/linux/ImageJ/rename(「/ temp/TempFile-7131-2.nii」);
我已經安裝了相應的ImageJ插件來讀取hdr/img(分析格式)。
sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)
FindApplication搜索路徑:[./Fiji.app,/順/家/ vwang我可以直接轉到文件>打開
調試消息從ImageJ的開放 「sample_mri.hdr」 /bin/Fiji.app〜/斌/ Fiji.app,/opt/Fiji.app,/usr/local/Fiji.app]
結果:
FindApplication搜索路徑:[./Fiji。 /cis/home/vwang/bin/Fiji.app,〜/ bin/Fiji.app,/opt/Fiji.app,/usr/local/Fiji.app]
結果:
FindApplication搜索路徑:[./ImageJ,/順/家/ vwang /斌/ ImageJ的〜/斌/ ImageJ的爲/ opt/ImageJ的,在/ usr /本地/ ImageJ的]
結果:
FindApplication搜索路徑:./,/順/家/ vwang /斌/〜/斌/爲/ opt /是/ usr /本地/]
結果:在/ usr/local/bin/ImageJ
顯示命令:'/ usr/local/bin/ImageJ' '-e''打開(「/ tmp/sample-4434-0.nii」);重命名( 「樣品」);」
插件:
如何在Linux SimpleITK.Show()鏈接到ImageJ的?
我已經下載了ImageJ,我可以通過直接運行ImageJ來查看圖像。過去有人問過類似的問題(Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI),但解決方案是針對windows操作系統的。什麼是UNIX相當於
setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe
我的Python代碼:
import SimpleITK as sitk
img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')
錯誤消息:
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show:
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]
的所有插件什麼SimpleITK的版本是你使用的?請嘗試1.0.1,因爲錯誤消息應該有所改善。 – blowekamp
我很好奇你是否嘗試過使用ImageJ ITK集成? http://imagej.net/ITK https://github.com/imagej/imagej-itk – ctrueden
@blowekamp 我升級到1.0.1,我不再收到錯誤消息。運行sitk.Show()後,ImageJ啓動,但我收到兩條錯誤消息(請參閱編輯)。 – DottedGlass